Impossibilitado de exercer funções públicas, M. Farinha dos Santos é convidado, em finais dos anos 70, a cofundar a Licenciatura em História na Universidade Livre, nela regendo Arqueologia, Epigrafia e Numismática Greco-Romana. Em 1986, envolve-se na criação da Universidade Autónoma de Lisboa, onde assume o ensino da Pré-História e o Seminário de Arqueologia, instituindo, nos inícios dos anos 90, o Centro de Estudos Arqueológicos e o Curso de especialização em Arqueologia que permitirá a quem os frequenta doutorar-se na Universidade de Salamanca (Espanha), mercê da sua rede científica pessoal. M. Farinha dos Santos incentiva, em permanência, discentes e colaboradores a atualizar conhecimentos e a procurar uma colaboração científica interdisciplinar, institucional e internacional, porquanto fundamental ao conhecimento abrangente do passado a estudar. Estimula-os, de igual modo, a utilizar diferentes recursos tecnológicos, a exemplo da fotografia aérea, e a requerer o apoio de especialistas de instituições como os Serviços Geológicos de Portugal (1918), o Laboratório Nacional de Engenharia Civil (1946), o Centro Português de Atividades submarinas (1953) e o Instituto de Antropologia Professor Mendes Correia da Universidade do Porto.

Nomeado, entre 1964 a 1974, vogal da subsecção de arqueologia da 6.ª secção da Junta Nacional da Educação, órgão consultivo do Ministério da Educação Nacional, M. Farinha dos Santos emite vários pareceres sobre os trabalhos arqueológicos no país. Centrado em questões de salvaguarda, empenha-se no reforço de uma legislação eficiente e na criação de um organismo dotado dos meios necessários à descentralização do exercício arqueológico, em cooperação com centros de investigação universitários e museológicos. Contribui, então, significativamente para a criação, em 1972, do Grupo de Trabalhos de Arqueologia do Gabinete da Área de Sines, pioneiro em Portugal no estudo, valorização e divulgação do património arqueológico de uma vasta área, e do qual resultarem numerosos trabalhos publicados.

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