Abrangendo estudos sobre o mesolítico, megalitismo e romanidade, a produção arqueológica de M. Farinha dos Santos focaliza-se nos estudos pré-históricos, sobretudo artísticos, sem desmerecer outros períodos e temas, a exemplo do megalitismo, da romano e da salvaguarda patrimonial. Entre outros aspetos, a sua ação científica distingue-se pelo rigor colocado no trabalho de campo, no registo dos artefactos escavados e pela aplicação de métodos utilizados por outras ciências, como os geofísicos, ensaiados na gruta do Escoural que investiga ao longo de quatro campanhas (1963-1966) subsidiadas pela Fundação Calouste Gulbenkian (1956) e com o auxílio do MEPLV.

M. Farinha dos Santos divulga o seu trabalho junto dos pares através de comunicações orais apresentadas a encontros nacionais e internacionais, a exemplo dos congressos Nacionais de Arqueologia (de Portugal e de Espanha), dos Portuenses de Arqueologia, das Jornadas Arqueológicas da Associação dos Arqueólogos Portugueses, dos congressos da União Internacional de Ciências Pré-Históricas e Proto-Históricas e dos Luso-Espanhóis para o Progresso das Ciências. Os seus estudos são também publicados em mais de 150 trabalhos dados à estampa entre 1958 e 1999, nomeadamente em revistas da especialidade: Antiquity, Zephyrus, Les Dossiers de l´Archéologie, O Arqueólogo Português, Ethnos, Boletim de História e Arqueologia, Anais da Academia Portuguesa da História e Filatelia e Numismática.

Em 1967, o arqueólogo espanhol Martín Almagro Basch (1911-1984) convida M. Farinha dos Santos a viajar até Madrid para, equiparado a bolseiro pelo Instituto de Alta Cultura (1952), pronunciar duas conferências na Faculdade de Filosofia e Letras da Universidade Complutense, e uma outra no Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (1939).

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