O percurso académico de Heleno encontra-se inicialmente associado ao ensino liceal, como professor agregado no Liceu Camões (1922), e após um breve período no Liceu Gil Vicente, professor efetivo do Liceu Passos Manuel (1927). A carreira de docente na FLUL tem início paralelo ao ensino liceal, em 1923, com a nomeação, por proposta de Leite de Vasconcelos, para o cargo de professor assistente, passando em 1930 à categoria de professor auxiliar. Convivendo de perto com os professores Queiroz Veloso, David Lopes, Manuel Oliveira Ramos, MH inicia uma longa carreira como professor universitário, que lhe vai conferir uma experiência multidisciplinar, num sistema de ensino ainda dominado por uma tradição enciclopédica. Professor de alunos que se haveriam de distinguir no campo das ciências e das letras portuguesas: Vitorino Magalhães Godinho, Virgínia Rau, Borges de Macedo, Oliveira Marques, Farinha dos Santos, Bandeira Ferreira – Joaquim Veríssimo Serrão será seu 1º Assistente -, Heleno vai reger as cadeiras de Arqueologia, História de Portugal, História dos Descobrimentos e da Colonização Portuguesa, Numismática, Esfragística, História da Antiguidade Clássica, História Medieval, Propedêutica da História, Paleografia, Diplomática, convidando professores estrangeiros a proferir conferências na FLUL (Henri Breuil, Bosh Gimpera).


Desde 1921 MH exercia as funções de conservador no Museu Etnológico Português, tendo substituído Leite de Vasconcelos, quando este atingiu o limite de idade, inicialmente como diretor interino, em 1929, e a partir de 1930, na categoria de professor auxiliar da FLUL, diretor efetivo, funções que manterá até à sua jubilação, em 1964. Refira-se que o decreto 16640 de 17 de Março de 1929 estabelecera que cargo de diretor do Museu seria inerente do de professor catedrático ou auxiliar de Arqueologia da FLUL. A grande transformação do Museu Etnológico do “Dr. Leite de Vasconcelos” (nova designação atribuída em 1929) tem lugar na direção de MH, quer através do aumento das coleções, quer com a extensão da exposição permanente, a que se somou uma maior dinâmica das campanhas arqueológicas. Não deve ser esquecida a luta que é travada com a Marinha pelo controlo dos espaços no Mosteiro dos Jerónimos, quando para aí é transferido o Museu de Marinha, na década de cinquenta. A responsabilidade de substituir Leite de Vasconcelos na FLUL e no cargo de diretor do Museu Etnológico, pairará como um sombra ao longo da extensa vida académica e científica de MH.

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