As críticas que lança ao trabalho do velho professor à frente do Museu, denunciando “escavações precipitadas e incompletas”, leva a que se esforce por afastar-se e autonomizar-se do legado do Mestre, mas, paradoxalmente, diz-se seu seguidor e admirador.

Em 1932 MH apresenta ao Congresso Luso-Espanhol para o Progresso das Ciências, reunido em Lisboa, a comunicação intitulada “Colaboração portuguesa nos descobrimentos das outras nações”, e “Grutas Artificiais do Tojal de Vila Chã (Carenque)”. No ano seguinte (1933), data do referendo da Constituição do Estado Novo, MH presta provas de doutoramento com a tese intitulada “Os Escravos em Portugal”. O tema teria surgido com o intuito de abordar e estudar a população de origem a africana natural de Alcácer do Sal. Contudo, o estudo ganhara outro propósito: o de demonstrar as virtudes de Portugal, cujas “glórias ultramarinas”, no entender de Heleno, eram consecutivamente diminuídas por outras potências, e até difamadas, ao se propalarem ideias erradas, como a de que os portugueses seriam os “criadores da escravidão moderna”. Apoiado numa base documental apreciável, o arqueólogo-historiador concluía: “que também não foram os portugueses os iniciadores do tráfico de negros.” O sacerdote António Brásio não ficou indiferente a esta “tese”, enaltecendo os argumentos contidos no trabalho, que, no seu ponto de vista, provavam a iniquidade da ideia de que Portugal fora o iniciador do “tráfico da carne humana”. Nesse ano de 1933 MH é nomeado para a categoria de professor catedrático; publica ainda dois trabalhos sobre a presença portuguesa em África e os Descobrimentos: “Os Portugueses no Congo: Duarte Lopes”, e “Descobrimento da América”. Estes são estudos que se esforçam por dar consistência à defesa da prioridade portuguesa nos Descobrimentos, encontrando-se a argumentação na esteira do Visconde de Santarém, relativamente à defesa dos direitos históricos de Portugal sobre as suas possessões ultramarinas.

O papel do infante D.Pedro nos Descobrimentos foi outro dos temas que mereceu o interesse de MH. Criticando as ideias de Oliveira Martins e António Sérgio por, na sua opinião, diminuírem o duque de Coimbra, para favorecerem o infante D.Henrique, e utilizando métodos de trabalho que valorizavam mais o documento que a problemática, Heleno concluiu que D. Pedro não fora afinal adversário das navegações marítimas e comerciais. Será acompanhado por Vitorino Magalhães Godinho nesta visão dos Descobrimentos. Godinho esclarecerá mais tarde que MH fora um dos professores que estivera a seu lado, quando em 1944 é afastado da FLUL.

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