Hooykaas nasceu no seio de uma família calvinista de ourives. De 1923 a 1930 estudou química na Universidade de Utrecht. Em 1945, foi nomeado para a primeira cadeira de história das ciências naturais da Holanda, na Universidade Livre de Amsterdão; aí esteve até 1967, ano em que mudou para a Universidade de Utreque, onde ficou até à sua aposentação em 1976. Em 1947 participou do 5.º Congresso de História da Ciência em Lausanne, onde conheceu Armando Cortesão, especialista da cartografia dos descobrimentos e então conselheiro para a História da Ciencia e da Cultura da UNESCO. Hooykaas foi vice-presidente para a Europa (1967–1976) e depois presidente do Comité Internacional de História das Ciências Geológicas (1976–1984); tal deve-se, em larga medida, à importância da sua obra de 1959, Um estudo histórico-crítico do princípio da uniformidade em geologia, biologia e teologia. Em 1970 esteve encarregue das Palestras Erasmus na Universidade de Harvard e em 1975–1977 das Palestras Gifford na Universidade de St. Andrews. Em 1957 foi eleito membro efectivo da Académie internationale d'histoire des sciences e em 1959 da Real Academia das Artes e das Ciências da Holanda. Por muitos anos, foi um membro activo da Sociedade Cristã de Cientistas e Médicos da Holanda. As relações entre religião e ciência e as origens da ciência moderna foram tópicos omnipresentes na sua obra, exemplificando a sua convicção de que a história da ciência deve ser levada a sério como parte da história cultural. Tal levou-o a estudar o significado técnico-científico e cultural dos descobrimentos portugueses, tendo, desde 1962, ensinado História das Ciências na Universidade de Coimbra e colaborado com dois professores dessa Universidade — o seu amigo Armando Cortesão e Luís de Albuquerque, matemático de formação que se tornou um notável historiador dos saberes náuticos portugueses. Em 1969 foi agraciado com o grau de doutor honoris causa por esta Universidade; no entanto, a sua tentativa de desenvolver a história das ciências em Portugal, nomeadamente enviando bolseiros para a Holanda, gorou-se (A. Flipse, “Reijer Hooykaas...”, 2013; J. D. North, “Eulogy of Reijer Hooykaas”, 1994; R. Hooykaas, Selected Studies..., 1983, pp. VII-XXII, 7 e 23; Pereira et al., “Os primórdios do ensino...”, 2019, p. 42).

A questão da emergência da ciência moderna surge já no seu estudo de 1958 sobre Pierre de la Ramée (1515-1572), onde mostrou que este sábio desenvolveu uma filosofia utilitarista e empirista — ligada às suas convicções religiosas calvinistas — assente na ideia de uma ‘razão natural’ adaptada à natureza e na defesa da ‘liberdade filosófica’. Frequentando comerciantes e oficinas, Ramus uniu a tradição dos sábios com a dos artesãos.

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