Nas Gifford Lectures de 1976, Hooykaas retoma os casos precoces de D. João de Castro (nos seus Roteiros escritos entre 1538 e 1541) e de Garcia de Orta, afirmando: “Castro e Orta eram excepcionalmente realistas, livres de fábulas e sem medo de usar as próprias mãos para encontrar a verdade sobre a natureza”, contrariamente aos jesuítas de Coimbra cujo conservadorismo aristotélico ia de par com a invocação de experiências que nunca realizaram. No entanto, Hooykaas afirma que D. João de Castro permaneceu profundamente conservador (aristotélico) no que toca à filosofia natural — como se evidencia da leitura do seu Tratado da esfera. Por isso, conclui que “a obra de Castro mostra o que poderia ser a ciência por volta de 1500 se não interagisse com círculos ‘filosóficos’”, ou seja, o espírito experimental moderno era acompanhado de uma cosmovisão ‘filosófica’ escolástica, em acordo com a visão intelectual dominante (Idem, 1999, pp. 201, 200). Mais tarde, Hooykaas designará esta atitude de compromisso — não-revolucionária como acontece com muitos cientistas, como Kuhn insistirá — entre as aquisições da experiência e as porções do saber antigo mantidas (o geocentrismo ptolomaico e uma cosmologia organicista aristotélica sem abertura à mecânica dos nominalistas)  como ‘Ciência de estilo manuelino’ — na arquitectura, a uma estrutura gótica (conservadora) adicionaram-se criativamente decorações não fantasistas, criando-se um estilo híbrido. Mas esta ciência nunca chegou a uma fase de sistema, restringindo-se a fragmentos de física, de botânica e de matemática (Idem, 1981, pp. 351, 421-426). Um dos aspectos das análises de Hooykaas que favorecem a relevância da revolução geográfica — que gerou na Europa um conflito entre ‘hard facts’ e sistemas de ideias — é a sua análise do trabalho de Copérnico e da sua recepção ao longo do século XVI, mostrando o anacronismo dos que o vêem como essencialmente revolucionário (“The Rise of Modern Science…”, 1987/2003, pp.  31-36, 40-43).

Na tradição crítica liberal, Hooykaas interrogou-se sobre a razão de, tendo os Portugueses sido pioneiros na Geografia e na História natural, eles não virem a ter qualquer contribuição significativa para a construção da cosmovisão estabelecida por Copérnico, Kepler, Galileu, Huyghens e Newton: — tratou-se do efeito conjugado do cercear da liberdade intelectual (Inquisição e monopólio espiritual dos Jesuítas) e da residual colaboração entre homens práticos (artesãos) e Sábios, o que por certo tinha que ver com a estrutura social da nossa burguesia de então (Idem, 1966/1983, p. 596). Em 1981, acrescentará que se durante um período inicial houve protecção real da actividade científica (pelos infantes D. Henrique e depois D. Luís, irmão do rei D. João III) ela acabou por esmorecer com os últimos reis da casa de Avis e com os Filipes (Idem, 1981, p. 395-397).

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