O ramismo que depressa se difundiu nos países reformados, favoreceu a transformação das ciências medievais na moderna ciência experimental (Humanisme, science et Réforme…,1958, pp. 1-2, 91-96). Em Religion and the rise of modern Science (1972), compilação das suas Palestras Gunning na Universidade de Edimburgo (1969), Hooykaas tratou da evolução das relações entre razão e experiência, mostrando como a emergência da ciência moderna dos séculos XVI e XVII pressupôs a ultrapassagem da herança grega — desta faz parte uma filosofia racionalista, o desenvolvimento das matemáticas, mas também uma mundividência caracterizada pela deificação da natureza, subestimação da capacidade humana eepreciação do trabalho manual. Havia que se valorizar o trabalho manual, ter uma concepção mais humilde da razão humana, simultaneamente afirmando-se a capacidade humana de intervir na natureza, pondo esta ao nosso serviço. A nova mentalidade, que surge associada ao início da ciência moderna, a da cooperação ‘da cabeça com a mão’ é favorecida pela emancipação da burguesia durante o Renascimento, exemplificada por cidades reformadas como Nuremberga, Antuérpia, Londres ou Amsterdão — aí muitos dos burgueses eram artesãos, promovendo-se a colaboração entre eruditos e homens práticos, o que veio a favorecer o método experimental (Religion and the rise…, 1972, p. 92; “Science in Manueline Style…”, 1981, pp. 395-398; Selected Studies…,1983, pp. 19-31; “The Rise of Modern Science…”, 1987/2003, pp. 27-28). Esta nova atitude recebia uma sanção positiva do pensamento religioso reformado, que valorizava o trabalho manual e experimental. Dialogando com a chamada tese de Merton (1938), a qual ligou o puritanismo inglês à tendência para o saber científico e experimental — tese inspirada em Max Weber —, Hooykaas corrige-a afirmando que a pesquisa científica foi favorecida pelas seguintes vias: pela crença no princípio de que as acções da vida humana são feitas  ‘para a glória de Deus’ (o que inclui uma ética trabalhista), pela ‘teoria da acomodação’ de Calvino (que favorece uma interpretação não literal da Bíblia no que toca à physis), pela doutrina protestante do ‘sacerdócio universal dos crentes’ (que eliminava a mediação da autoridade eclesial),  bem como pela crença de que Deus se revela aos homens em dois livros — a Bíblia e a Natureza (Idem, 1972, pp. 98-134). Como dirá mais tarde, a intervenção do homem sobre a natureza foi favorecida pela perspectiva mecanicista, que se desenvolveu em oposição ao organicismo dominante entre os escolásticos, para o qual os entes naturais são irreproduzíveis artificialmente — por outras palavras, a atitude de empirismo coercivo é favorecida pelo mecanicismo, o qual progride nitidamente entre o fim da Idade Média e Newton (Idem, 1987/2003, pp. 29, 30).

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