Se os humanistas foram decisivos para a eclosão do Renascimento, para as artes e para a literatura e recuperação dos clássicos do mundo Greco-latino, o seu efeito sobre a ciência não foi tão positivo, dada a excessiva veneração dos antigos — a qual ainda se faz sentir na obra de Copérnico — e o desprezo pela experiência. Hooykaas encontra amplos sinais deste conservadorismo, associado ao desprezo pelas tarefas manuais, em humanistas activos em Portugal, caso de Sá de Miranda, Francisco de Holanda, António Ferreira ou de Professores do Colégio das Artes  de Coimbra, como Arnaldus Fabricius, George Buchanan ou Élie Vinet; a grande excepção, porque a sua vida aventurosa o fez muito viajar e tornar-se amigo de Garcia da Orta, é Luís de Camões, poeta humanista que nos Lusíadas faz a apologia do ‘saber de experiência feito’, defendendo um empiricismo que não é contra a razão mas contra o racionalismo (sobretudo o da Escolástica), uma vez que a realidade ultrapassa as expectativas da razão (Idem, 1966/1983, pp. 581, 587-588, 591-594; Idem, 1981, pp. 236-238, 327-328, 342, 424; Idem, 1999, pp. 185, 201). Hooykaas virá a desenvolver o tópico da reacção dos humanistas no século XVI no seu longo estudo sobre Castro (Idem, 1981, pp. 233-245) e no livro Humanism and the voyages of discovery… (1979).

Citando autores ligados às navegações (Diogo Gomes, Pacheco Pereira, João de Barros, Pedro Nunes, João de Castro), Hooykaas mostra como eles denunciaram os erros e a incompletude da ciência antiga, vincando a sua viragem metodológica ao considerarem a autoridade da experiência como superior aos raciocínios a priori dos antigos, dos escolásticos e dos humanistas. Em particular, João de Castro insistiu em como a Razão se deve adaptar aos novos factos (caso da habitabilidade dos antípodas) e não ao contrário, por isso vendo nele um ‘precursor’ de Francis Bacon (Idem, 1966/1983, pp. 582-586, 588-589). Hooykaas analisa o vivo conflito entre as tendências conservadoras dos escolásticos e dos humanistas e as provas abundantes dos erros e da insuficiência dos antigos, mostrando que a solução encontrada foi a de: “seguir a natureza onde quer que ela levasse e, em segundo lugar, respeitar a tradição sempre que possível sem violar a primeira directiva” (Idem, 1966/1983, p. 587). Exemplificando esta atitude de compromisso, Pedro Nunes e João de Castro, elogiavam e aceitavam a Mecânica de Arquimedes, a cosmografia de Ptolomeu e as matemáticas de Euclides, notando como as novidades da observação vinham renovar radicalmente sobretudo a história natural, área onde o saber é mais contingente e onde a ultrapassagem da geografia de Ptolomeu era evidente; Hooykaas elogia D. João de Castro e Garcia da Orta pela sua atitude já assumidamente experimentalista (Idem, 1966/1983, pp. 590-591, 594-595).

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