Hooykaas, cruzando sempre filosofia e história das ciências, foi desenvolvendo um empirismo sofisticado, patente nas suas Gifford Lectures, o qual afirma a continuidade histórica do modo de pensar científico. Nele identifica três componentes fundamentais — ‘facto’, ‘fé’ e ‘ficção’ —, cujas ‘proporções’ não são a priori fixadas. Os factos científicos não são factos brutos havendo uma dialéctica de adaptação mútua entre os dados obtidos por via experimental e as leis esperadas, sendo notável o papel da imaginação criadora de hipóteses, numa atitude onde a suspensão do juízo tem papel relevante (ficções). ‘Fé’ designa o conjunto de crenças básicas em ‘coisas que não são vistas’, muitas tendo carácter metafísico ou a priori/metodológico. Estas crenças, que são também uma necessidade prática dos cientistas, levam por exemplo a persistir-se na ideia de que um grupo de fenómenos obedece a uma lei — D. João de Castro com as suas experiências sobre a declinação magnética invalidou qualquer possível relação de proporcionalidade entre ela e a diferença de longitude em relação a um meridiano de referência, mas manteve a convicção de haver uma lei a descobrir (Fact, Faith and Fiction…, 1999, pp. 7-13, 188-190). A relação entre este empirismo sofisticado e os estudos históricos é clara no capítulo desta obra intitulado ‘Thinking with the hands’ — onde mostra que é sobretudo a partir do século XVII nos países do noroeste da Europa, que se desenvolve a pesquisa experimental, associada a uma cooperação entre artesãos, engenheiros e sábios.

Quatro anos após a sua primeira vinda a Portugal, Hooykaas aprendeu português e elaborou o seu texto seminal ‘The Portuguese Discoveries and the rise of modern science’ (1966). Aí se apresenta o núcleo da sua visão sobre a evolução e carácter inovador dos saberes associados às Descobertas portuguesas, sobre os conflitos de mentalidade associados à sua recepção em Portugal bem como sobre a sua difusão internacional. Este seu trabalho integra-se no todo da sua obra muito concentrada nas condições gerais da emergência da ciência moderna; recorrendo aos estudos portugueses sobre o período (Joaquim Bensaúde, Joaquim de Carvalho, os irmãos Cortesão, Pereira da Silva, Fontoura da Costa, Hernâni Cidade, etc.) lança uma interpretação geral da significação cosmopolita desses saberes — a qual esses autores não estavam em condições de fornecer por ignorarem o detalhe da literatura internacional que permitia colocar Portugal no movimento geral europeu que conduziu à ciência moderna. Ele próprio a resume: “os marinheiros e cientistas portugueses dos séculos XV e XVI deram um importante contributo para o surgimento da ciência moderna, minando involuntariamente a crença nas autoridades científicas e reforçando a confiança num método empírico e histórico-natural” (“The Portuguese Discoveries…”, 1966/1983, pp. XV, 580).

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