Alargando progressivamente o leque das suas interrogações para todo o Golfo Pérsico e o Oceano Índico do final da Idade Média, Aubin também estudou o processo de formação de uma diáspora de comerciantes e diplomatas iranianos na região. Deste modo, além de principal investigador dos estudos persas em França, Aubin tornou-se, como sublinha a historiadora Denise Aigle, um dos representantes franceses da “história conectada” (Aigle, « L’oeuvre de Jean Aubin (1927-1998) et l’histoire globale », 2018:13). Foi, aliás, essa característica que o levou paulatinamente a interessar-se pela presença portuguesa na Índia.

Regressado, entretanto, da sua primeira longa estadia no Irão (1948-1955), Jean Aubin integrou em 1956 a secção de Línguas e Civilizações Orientais do prestigiado Centre National de Recherche Scientifique (CNRS). Paralelamente a novas investigações conduzidas em Teerão, o vínculo do jovem investigador ao CRNS permitiu-lhe realizar estadias noutros países. Foi o caso de Portugal, que visitou pela primeira vez em 1959, para consultar arquivos relacionados com a cidade de Ormuz, sobre a qual escrevera um primeiro artigo em 1953. Aubin passou assim a frequentar regular e demoradamente o Arquivo Nacional da Torre do Tombo (ANTT), travando conhecimento com o director da época, José Pereira da Costa e também com os historiadores Luís de Albuquerque e Avelino Teixeira Mota.

A par dessas numerosas deslocações a Lisboa e do cargo de investigador que continuou a desempenhar no CNRS, Aubin foi eleito, em 1963, diretor de investigação na École Pratique des Hautes études (EPHE), onde lecionou história do Irão e do império português na Ásia até ao final da sua carreira em 1994. Por outro lado, tornou-se um dos incontornáveis palestrantes do Centro Culturel da Fundação Calouste Gulbenkian em Paris. Aí, paralelamente a numerosas conferências proferidas em universidades portugueses, consolidou o advento de uma “jovem escola de orientalistas portugueses” (Aubin, Le Latin et L’Astrolabe.I, 1996: 9).

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