A produção historiográfica de Panikkar não é dissociável da sua faceta de político. Para ele, a História não era um relato distanciado ou abstrato de eras passadas, mas um instrumento para compreender e inclusive moldar o presente. Por essa razão, salvo algumas exceções de cariz mais cultural (notavelmente, foi coautor de um volume da Histoire du développement culturel et scientifique de l'Humanité coordenada pela UNESCO), as suas obras tendiam a refletir a sua visão sobre a política do seu país. Procurou realçar que o subcontinente hindustânico tinha uma longa e rica história anterior ao contacto com os europeus. Embora fosse hindu e defendesse que a civilização indiana tinha por base essa religião, o historiador era sensível às contribuições muçulmanas e, em menor medida, cristãs para a mesma. Interessava-se bastante pelo impacto dos impérios europeus e da cultura ocidental na Ásia nos últimos quatro séculos, tópico da mais célebre das suas obras, Asia and Western Dominance (1959), na qual argumentava que esse impacto tinha sido absolutamente transformador – para o bem e para o mal. Raramente imparcial, Panikkar não hesitava em julgar o passado, embora reconhecendo que os contextos eram diferentes. Interessou-se também por temas mais específicos, como a história do poder militar marítimo no Índico, face à relevância que estes mantinham na atualidade. A presença portuguesa na península indiana é discutida em várias das suas obras, sendo uma delas ( Malabar and the Portuguese , 1929) dedicada especificamente ao tema.

Para este historiador, a relevância dos portugueses para a história da Ásia resulta de terem inaugurado no continente aquilo a que designa por “época de Vasco da Gama”, correspondente ao período em que povos europeus, através do poderio naval, impuseram o seu domínio sobre os asiáticos, em particular no subcontinente indiano. Panikkar vê no Estado da Índia as linhas de força e características que irão permear a atuação dos vários poderes imperiais até à retirada dos britânicos da Índia em 1947, nomeadamente o controlo – pelas armas – da navegação no Índico, a “imposição de uma economia comercial” e a tentativa de evangelização dos asiáticos (embora esta última não tenha estado presente na fase inicial).

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