Regressado a Lisboa, entre 1842 e 1843 escreveu semanalmente para a Revista Universal Lisbonense, dirigida por António Feliciano Castilho, na qual publicou o seu romance Rauzo por Homízio, obra que o tornou notado no seio da sociedade lisboeta. No mesmo período travou amizade com Alexandre Herculano, frequentando a Biblioteca da Ajuda e colaborando na revista O Panorama. O consagrado historiador que metodologicamente sublimava a abordagem documental crítica, avessa a tradições míticas, contribuiu largamente para o desenvolvimento do pensamento e prática historiográfica de Rebelo da Silva. Representando ainda um valioso recurso de legitimação, que o jovem discípulo soube instrumentalizar ao serviço da sua afirmação no campo científico e institucional. Por lealdade, mas sobretudo por convicção, envolveu-se na polémica sobre a omissão do «milagre de Ourique» na História de Portugal. Saindo à liça em defesa do seu amigo e mestre, publicou as Cartas ao Sr. Ministro da Justiça, sobre o uso que faz do púlpito e da imprensa uma fracção do clero português (1850), onde criticou a manipulação das massas feita por alguns sectores da Igreja, censurando obras que, alegadamente, ofenderiam a religião.

A partir da década de cinquenta Rebelo da Silva delineou as primeiras obras de carácter historiográfico. Privilegiou, nesta fase, trabalhos no âmbito da história literária e biográfica, nos quais se revelava particularmente atento à acção que o contexto exercia sobre os indivíduos. (Jorge Borges de Macedo, A «História de Portugal nos Séculos XVII e XVIII» e o seu Autor, 1971, p.84.) A sua abordagem seguia os postulados do método crítico de Sainte-Beuve que se baseava no princípio de que a obra de um escritor era sempre o reflexo da sua vida e podia ser explicada através dela. Método criticado, entre outros, por Marcel Proust (Contre Sainte-Beuve, Paris, 1965). Em 1850, provavelmente por interferência de Alexandre Herculano, foi incumbido pela Academia Real das Ciências de Lisboa de prosseguir a publicação do Quadro elementar das relações políticas e diplomáticas de Portugal, que havia sido iniciado pelo, então falecido, Visconde de Santarém. Já este autor se havia destacado anteriormente pelo esforço de objectividade, tendo precedido Herculano na publicação sistemática de fontes. O jovem historiador Rebelo da Silva veio a receber um louvor de D. Pedro V pelo sucesso no cumprimento deste encargo.

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