Em meados da década de sessenta do século passado as dificuldades financeiras assinaladas e um clima universitário e eclesial pouco propício à investigação em história eclesiástica, e por isso ao desenvolvimento de massa crítica que a sustentasse, conjugavam-se para o incumprimento da periodicidade anual projectada para a LS, que foi possível apenas entre 1956 e 1959 (tomos I-IV); entre 1960 e 1963 a Revista teve um ritmo bienal de publicação (tomos V-VI) e, depois, trienal entre 1964 e 1969 (tomos VII-VIII). Este último Tomo foi já dirigido por uma comissão de redacção reformulada em 1967; aos membros da comissão anterior, à excepção de Bernardo Xavier Coutinho e Miguel de Oliveira, que por motivos de saúde solicitara ao Patriarca, em finais de 1967, um novo líder para a redacção da LS, juntaram-se Fernando Félix Lopes e Isaías da Rosa Pereira; este assumiu, na prática, a direcção da LS e encetou esforços para a institucionalização do CEHE, projectando uma futura integração na Universidade Católica Portuguesa que, então, dava os primeiros passos. Sob a nova Comissão editaram-se dois tomos, respeitantes a 1970-1971 (IX) e a 1978 (X), mantendo-se associada a chancela da União Gráfica, a quem coube a impressão de todos os volumes da 1ª Série.

A consolidação institucional do CEHE, que visava robustecer a sua actividade e permitir a sua inserção na academia, coincidiu com o limiar de um novo contexto sociopolítico, pouco favorável à densificação da história eclesiástica, que implicou profundas transformações no meio universitário português; aliás, algumas das características essenciais da historiografia de que a LS se fez eco na primeira fase da sua existência surgiam desfasadas do panorama historiográfico internacional que teve repercussões também na abordagem do fenómeno religioso.

Os trabalhos pioneiros, que se repercutiram na CISH, de Jean Daniélou e Henri-Irénée Marrou, com a «Nouvelle Histoire de L’Eglise», ou de Hubert Jedin, entre outros, traçaram um novo quadro que, considerando a complexidade da problemática religiosa, contribuía para a sedimentar como campo historiográfico imprescindível e de lastro mais abrangente que o âmbito eclesiástico, institucional e confessional, características identificadoras da LS na sua primeira fase

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