Continuando a ser publicada em Lisboa, a LS espelha, do ponto de vista das suas direcções e comissões de redacção, a composição do órgão directivo do CEHR; assim, teve sucessivamente como directores António Montes Moreira, Carlos Moreira Azevedo, Manuel Clemente – todos prelados católicos –, Ana Maria Jorge, António Matos Ferreira e Paulo Oliveira Fontes. À semelhança da fase anterior, projectava-se a periodização anual da Revista, que foi cumprida com a excepção tomos bienais de 1996-1997 (VIII-IX), 2001-2002 (XIII-XIV) e 2007-2008 (XIX-XX), tendo passado a publicação semestral em 2011 (XXIII).

Dirigida directamente à comunidade académica, tal com na fase anterior, a 2ª Série, ao invés da precedente, procurou conferir unidade aos diversos tomos, fosse por via temática ou cronológica, esta mais recorrente até ao tomo XX, surgindo sequenciados os volumes dedicados ao período medieval, moderno e contemporâneo.

Quanto à organização interna de cada volume, estes incluem, além dos artigos, uma secção de Crónica Universitária, outra destinada à publicação de recensões, e, a partir do tomo VIII-IX, com excepção do XXI dedicado ao cinquentenário da publicação da Revista, uma outra intitulada Notas de Investigação.

O alargamento do número de colaboradores, que ultrapassa já as duas centenas, reflecte o crescimento dos estudos sobre a problemática religiosa no panorama historiográfico português, bem como a rede de investigadores, tanto nacionais quanto estrangeiros, articulada em torno do CEHR; de entre estes releve-se a presença dos meios académicos espanhol e francês e, fora da Europa, mexicano e brasileiro.

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