A passagem da história eclesiástica à história religiosa reflectia a mudança historiográfica entretanto ocorrida, considerando o fenómeno religioso em perpectiva ampla e integrada no conjunto das suas implicações antropológicas e societárias, procurando ultrapassar as limitações das abordagens político-eclesiásticas que tendem a confinar as análises aos limites formais das confissões religiosas. Alguns dos autores mais significativos desta alteração, sobretudo no ambiente francófono, como René Rémond, Jean Delumeau, Jean-Marie Mayeur, Émile Poulat, Jean-Claude Schmitt e Claude Prudhomme, entre outros, exerceram uma considerável influência nas novas gerações que corporizaram a estruturação do CEHR e a consolidação da LS na segunda fase da sua existência, patente nas presenças daqueles historiadores em iniciativas promovidas pelo CEHR.
Sem deixar de atender às dimensões institucionais do fenómeno religioso, o alargamento temático notório no quadro de uma perspectiva integradora daquele nos diversos processos históricos (Pedro Cardim – Amor e amizade na cultura política dos séculos XVI e XVIII; Maria Inácia Rezola – Católicos, operários e sindicatos) dá conta da nova concepção de História Religiosa, preocupada, entre outros vectores, com a dimensão comparativa e transnacional (Stefan Gatzhammer – Antijesuítismo europeu: relações político-diplomáticas e culturais entre a Baviera e Portugal - 1750-1780), o percurso de diversificação da confessionalidade religiosa em Portugal (Luís Aguiar Santos – A primeira geração da Igreja Lusitana Católica Apostólica Evangélica - 1876-1902; Claude B. Stuczynski – Cristãos-Novos e Judaísmo no início da Época Moderna: identidade religiosa e “Razão de Estado”) e a progressiva reconfiguração do mesmo (Tânia Welter – Do curador ao santo: aproximações entre os processos de consagração de Dr. Sousa Martins, Santa da Ladeira e São João Maria Agostinho).
Esta segunda fase fica marcada pela definitiva inserção do CEHE na academia, através da sua incorporação, ainda que conservando alguns graus de autonomia, na Faculdade de Teologia da Universidade Católica Portuguesa em 1984 – se bem que tivesse sido equacionado, no início da década anterior, converter a LS em órgão daquela Faculdade, o que acabou por gorar-se – e a posterior transformação em CEHR (1989), após a eleição da sua primeira direcção, corria o ano de 1988. Este facto contribuiu tanto para o alargamento como para a consolidação de um corpo de investigadores sobre a problemática religiosa, abarcando a diacronia da periodização historiográfica clássica.