Ao mesmo tempo, esta característica da sua obra e do seu pensamento aproximava-o das correntes liberais e nacionalistas que se desenvolveram na Europa do período, com as quais se mantinha em contacto através de viagens e de intercâmbios epistolares com destacados intelectuais estrangeiros.

Como acontece com muitos dos seus coetâneos, o conjunto da obra de JAR não pode ser observado a partir de uma diferenciação entre temáticas, áreas de estudo – História, Literatura, História da Arte, etc. – ou cronologias; mas é evidente que grande parte dos seus trabalhos estiveram focados no período medieval, e muitos deles marcaram para sempre o medievalismo ibérico. A conferência proferida na Real Academia de la Historia no dia 18 de fevereiro de 1848, por exemplo, intitulada “La influencia de los árabes en las artes y literatura españolas”, foi o ponto de partida para que outros académicos, como Modesto Lafuente ou Evaristo San Miguel, sublinhassem a importância dos estudos árabes para a adequada compreensão da cultura medieval ibérica. Paralelamente, a publicação no mesmo ano dos citados Estudios históricos, políticos y literarios sobre los judíos de España, que em 1876 seriam ampliados na Historia social, política y religiosa de los judíos de España y Portugal, foi a base dos trabalhos prosseguidos por Fidel Fita, Antonio Domínguez Ortiz ou Américo Castro, entre muitos outros.

O empenho de JAR em defender essa ideia de uma identidade hispânica multicultural, formada na Idade Média a partir dos contributos de árabes, judeus e cristãos, e diferenciada de outras culturas europeias, fez do autor a principal referência intelectual para os historiadores que se inseriam nas correntes nacionalistas e liberais. Nessa ‘nova história’ o passado era reconstruído para sustentar uma identidade coletiva sem episódios traumáticos, e também sem a caracterização das ‘raças’ e a ‘nação’ próprias da ideologia que tinha sustentado a Inquisição, ainda muito presentes na historiografia tradicionalista. Para JAR a ‘raça’ relacionava-se com a religião, mas a ‘nação’ era uma entidade política da qual os judeus também fizeram parte na Idade Média. O difícil convívio das três culturas nos anos finais do século XV e a necessidade de identificar a nação com a religião teriam forçado a rainha Isabel I a expulsar aos não cristãos, e a estabelecer um sistema que permitisse identificar aos falsos conversos. JAR justificava assim o elemento confessional da monarquia, de grande peso ainda no reinado de Isabel II; mas criticava as práticas inquisitoriais – das quais os reis eram exculpados – e lamentava as consequências económicas que a expulsão teve na Península.

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