Nesse mesmo ano de 1952 (16 de Fevereiro), Avelino de Jesus da Costa – ou o Padre Avelino de Jesus da Costa, como gostava de ser tratado –, iniciava uma nova etapa da sua vida, pois era contratado como segundo assistente da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, cargo que ocuparia até Fevereiro de 1958. Viria a doutorar-se na mesma Faculdade em 16 de Dezembro de 1960, com a tese O Bispo D. Pedro e a organização da Diocese de Braga, que obteve a classificação de 19 valores e pela qual viria a ser galardoada, em 1962, com o Prémio Alexandre Herculano, de História. Surgido o convite, em 28 de Janeiro de 1961, tomava posse do lugar de Primeiro Assistente e, em 1971, chegava à categoria de Professor Catedrático, após concurso para Professor Extraordinário, em 1965. Pelo meio, e em cerimónia conjunta com o Doutor Salvador Dias Arnaut, recebia as insígnias doutorais em Janeiro de 1965. Jubilou-se no ano lectivo de 1977/1978. Durante cerca de dois anos ainda se manteve em Coimbra, frequentando assiduamente a Faculdade, posto o que se retirou para Braga, ao Seminário de Nossa Senhora da Conceição, donde passou à Casa Sacerdotal da Diocese de Braga, onde viria a falecer. E foi a essa mesma diocese, ao Seminário Conciliar de S. Pedro e S. Paulo, que doou a sua preciosa biblioteca, a qual a Arquidiocese de Braga dispôs em instalações próprias, por ocasião da celebração do centenário de nascimento de AJC, em 4 de Janeiro de 2008.

A carreira académica de AJC pautou-se por uma grande dedicação à Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, sobretudo na docência e investigação, de que falaremos. Do ponto de vista da administração, exerceu alguns cargos, como o de Diretor do Curso de Bibliotecário-Arquivista, que ocupou de Outubro de 1963 até à jubilação, e ainda o de Director do Instituto de Estudos Históricos Doutor António de Vasconcelos, da mesma Faculdade (1966-1975), cujo órgão científico – a Revista Portuguesa de História –, secretariava. Personalidade sumamente discreta – a ponto de, nos conturbados dias da Revolução de Abril de 1975, nunca ter reclamado as prerrogativas do seu lugar de decano da Faculdade –, a sua grande luta e a sua grande obra, mas também o seu grande gosto, foi a criação do Instituto de Paleografia e Diplomática da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, em 1974, cuja direcção manteria até à data da jubilação. Numa outra vertente da vida da instituição universitária, em 20 de Março de 1966, coube-lhe fazer o elogio dos Doutores Alexandre Fradique Morujão, Sebastião José da Silva Dias, Victor Raul da Costa Matos e Walter de Sousa Medeiros, no respectivo doutoramento solene.

Foi vogal da Subcomissão Portuguesa da Commission Internationale d’Histoire Ecclésiastique Comparée, integrada no Comité International des Sciences Historiques. Foi também vogal da 3.a Secção da Junta Nacional da Educação (1966-1977). Com Mons. Miguel de Oliveira, Rev. Dr. A. da Silva Rego e o P. António Brásio, fez parte da Comissão organizadora que fundou o Centro de Estudos de História Eclesiástica (1956) e a respectiva revista – Lusitania Sacra –, a cuja Comissão redactorial pertenceu, logo de início e durante muito tempo. Foi membro da Academia Portuguesa da História, da Associação dos Arqueólogos Portugueses, sócio emérito da Sociedade Portuguesa de Estudos Medievais e, no estrangeiro, membro do Comité International de Paléographie Latine (eleito emérito em 1979) e da Commission Internationale de Diplomatique. A sua brilhante carreira era distinguida, em 1971, com a concessão das insígnias de Comendador da Ordem do Infante D. Henrique.

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