Além de conhecer, como poucos, diversos Arquivos nacionais, nomeadamente, o Arquino Nacional da Torre do Tombo, a Biblioteca Pública e o Arquivo Distrital de Braga e ainda o Arquivo da Universidade de Coimbra, a sua notória actividade na investigação fê-lo percorrer arquivos e bibliotecas de Paris, Barcelona (Archivo de la Corona de Aragón), Roma (Archivio Segreto do Vaticano), Madrid (Archivo Histórico Nacional) e muitos outros de Espanha, e a sua brilhante reputação científica levou-o, em Congressos e reuniões científicas, a Boston e Nova Iorque (VI Colóquio Internacional de Estudos Luso-Brasileiros, 1966), Barcelona (V Congresso Internacional de Arqueologia Cristã, 1970), Budapeste (IVe Congrès International de Diplomatique, 1973), Roma (XIV Congresso Mariano Internacional, 1976), Paris (Ve Congrès International de Diplomatique, 1977). A sua obra, desde logo a sua tese de doutoramento, encontrou eco nos mais exigentes meios intelectuais do seu tempo, estrangeiros, como Analecta Bollandiana (LXXX, Bruxelles, 1962), Analecta Sacra Tarraconensia (XXXIV, Barcelona, 1961), Antonianum (XL, Roma, 1965), Bulletin des Études Portugaises (24, Lisbonne, 1963), Compostellanum (VII, Santiago, 1962), Gregorianum (XLIII, Roma, 1962), Hispania. Revista Española de Historia (LXXXVII, Madrid, 1962), Hispania Sacra (XIV, Madrid, 1961), Revue d’Histoire Ecclésiastique (LVII, Louvain, 1962), e portugueses, como Brotéria (LXXII, 1961), Itinerarium (VII, 1961), Lumen (XXV, 1961), Lusitania Sacra (V, 1960/61).

Começou bem cedo a actividade docente de AJC. Terminado o Curso de Teologia, passou a leccionar no Seminário de Nossa Senhora da Conceição, em Braga, e no Seminário Conciliar de São Pedro e São Paulo, situação em que se manteve até 1943, sendo recordado como um bom professor. Aí leccionou matérias tão diversas como Ciências Geográfico-Naturais, Literatura Portuguesa (SNSC) e Psicologia Experimental e História da Igreja (SCSPSP). Pelas circunstâncias de vida, seria, contudo, a Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra a instituição que mais serviria como docente. Tendo-se iniciado na docência das aulas práticas de Paleografia e Diplomática, Epigrafia, História da Idade Média, na Licenciatura em História, e de Aperfeiçoamento de Paleografia, no Curso de Bibliotecário-Arquivista, logo passou à responsabilidade da sua regência. Juntar-se-lhe-iam as cadeiras de Arquivologia e Arquivoeconomia, do referido Curso, e, pontualmente, as aulas de História do Cristianismo e a de Numismática, na Licenciatura em História. Em 1966, pela ausência do Doutor Torquato Brochado de Sousa Soares, nos Estudos Gerais Universitários de Angola, assumiu a regência da cadeira de História da Idade Média e a direcção do Seminário de História Medieval de Portugal, a que se seguiu a de Seminários nos Cursos de Especialização I e II de História Económica e Social. Sobretudo no primeiro, incrementou os estudos de história sobre instituições eclesiásticas, de acordo com as afinidades da sua formação Aliás, o mesmo aconteceu com a actividade no Centro de Estudos Históricos da Universidade de Coimbra, e, depois, no Centro de História da Sociedade e da Cultura, no qual dirigiu a “Linha 3: Publicação de fontes”, de cujo labor saíram obras que muito enriqueceram essa instituição e que deram jus a que se falasse, então, numa “escola de Coimbra”, a propósito do seu magistério. Em 1992, a Sociedade Portuguesa de Estudos Medievais houve por bem homenageá-lo, reeditando, em volume próprio, sob o título Estudos de Cronologia, Diplomática, Paleografia e Histórico-Linguísticos, um conjunto de seis trabalhos, esgotados ou de difícil acesso, mas também paradigmáticos da sua longa experiência de investigador.

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