A sua inédita tese de licenciatura, Calendários Medievais Portugueses (1950), modelarmente recenseada por Saul Gomes (2001), é o termo a quo de uma carreira brilhante quer como pedagogo quer como investigador. Em 1956, publicou o 1.º manual de Epigrafia destinado aos alunos da FLUC. José d’Encarnação, que depois de 1975 regeria a cadeira, com ímpar competência e notoriedade nacional e internacional, escreve que para AJC a Epigrafia era o seu segundo “amor” (o 1.º era a Paleografia) traduzido num conhecimento profundo especialmente da Epigrafia Romana e da Epigrafia Cristã que, diga-se, a condição de sacerdote favorecia bastante (Encarnação, 2011, 111-113). À Paleografia e à Diplomática, dedicaria, em 1966, na senda de Torquato Sousa Soares e de António Cruz, o Álbum de Paleografia e de Diplomática. (Colecção Provisória). Nascia, sem dúvida uma obra-prima didáctico-científica que AJC melhoraria, refundiria e aumentaria em número de imagens em cinco edições, que se sucederam de 1972 (pela qual estudámos) até 1997. A 6.ª edição, em vigor no ensino desta disciplina, na FLUC, constitui um título obrigatório, orgulho para os estudantes que, embora já habituados a novas tecnologias de reprodução e leitura de documentos, não dispensam a aquisição e o trabalho com o Álbum do Padre Avelino como é conhecido. Por ele, aprendem as “1.as letras” paleográficas, tomam conhecimento dos mais famosos arquivos e bibliotecas nacionais e estrangeiros, impressionam-se com os “retratos” gráficos de reis, rainhas, navegadores, cronistas e outros que mantêm viva a sua memória através das assinaturas autógrafas. Bastaria, dizemos nós, esta obra para justificar o lugar de AJC no panorama historiográfico do seu tempo. O P.e Avelino era admirado, ainda que por vezes erradamente criticado, por colegas e amigos que tinha um pouco por toda a Europa: Manuel Díaz y Díaz, Manuel Mundó, António García y García, de Espanha, Giulio Battelli, italiano, António Domingues de Sousa Costa, franciscano português, que fez a sua vida em Roma, onde foi professor (e Vice-Reitor) no Ateneu Antonianum e na Universidade Urbaniana, Peter Rück, suíço, Padre Leonard Boyle, irlandês, Jean Vezin, francês, entre tantos outros nomes ilustres da Paleografia, Diplomática, Codicologia, Filologia. Ler e transcrever era tarefa sábia e exigente para o Mestre que era AJC. Deste modo, não causa admiração que tenha traduzido e adaptado da matriz estabelecida pela Commission Internationale de Diplomatique as Normas gerais de transcrição e publicação de documentos e textos medievais e modernos de que saíram três edições e que ainda são seguidas na Escola de Coimbra, entre outras.

Paleógrafo e diplomatista exímio, dedicou-se ainda à edição crítica de cartulários, censuais, livros de chancelaria, bulários, obituários, para além de largas centenas de documentos avulsos latinos da Alta Idade Média. Neste âmbito é obrigatório referir o Liber Fidei, cartulário emblemático da Sé de Braga, cuja edição avançada mas incompleta acabaria concluída pelo também Prof. Doutor Cónego José Marques, com a colaboração de Maria Teresa Nobre Veloso e de Joaquim Tomás da Silva Pereira em 2017. Monumental e de valor inestimável para a historiografia portuguesa medieval é também a edição do Livro Preto da Sé de Coimbra que retomou com Leontina Ventura e Maria Teresa Nobre Veloso, mas terminou como responsável científico, sob a direcção de Manuel Augusto Rodrigues, em 1999.

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