Durante quase duas décadas, Coimbra foi o espaço de atuação do eclesiástico e intelectual combativo: ordenado presbítero em abril de 1911, será sócio honorário do CADC e, depois, diretor espiritual dos universitários católicos. Diversifica, nesse período, a sua colaboração na imprensa, que tinha iniciado, com 19 anos, no diário portuense A Palavra, altura em que escreve, também, na Estudos Sociais sobre A organização do ensino: dirige o semanário Imparcial desde o seu início em 1912 até meados de 1914; é o editor da revista Lusitânia (1914), dirigida pelo jurista Francisco de Sousa Gomes Veloso; colabora com o semanário diocesano Correio de Coimbra (1922-1928); e dirige as «Cartas aos novos» (1925-1928) na revista Estudos, do CADC, que terão publicação autónoma em 1933.

É dentro desse período que se inclui a carreira académica de incidência historiográfica, repartida entre a docência e a publicação dos seus estudos. No ano de conclusão do segundo bacharelato, é nomeado assistente provisório por decreto de 11 de novembro de 1916, cargo em que foi reconduzido até 1919, sendo o representante dos professores assistentes da sua Faculdade à Assembleia Geral da Universidade durante esse período. Desempenhou cargo similar entre 1919, quando se torna professor ordinário, e 1922, pelo menos. A escolha para arcebispo de Mitilene, auxiliar do Patriarca de Lisboa, com a ordenação episcopal em 17 de junho de 1928, poria termo à sua atividade docente que incluiu a lecionação das disciplinas de História Antiga, História Medieval, História Geral da Civilização, História Moderna e Contemporânea, História de Portugal e Propedêutica Histórica. Assumiu, ainda, as funções de secretário da Faculdade a 1 de novembro de 1925, de secretário do respetivo Boletim, que se chamaria Biblos (ainda se publica), bem como de diretor do Arquivo e Museu de Arte da Universidade, cujas funções iniciou em julho de 1927, embora estivesse incumbido do cargo de arquivista-paleógrafo desde 1918. O Arquivo conserva a memória e as anotações do trabalho de catalogação dos processos dos candidatos a ordens sacras por si desenvolvido.

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