Do período anterior à elevação ao episcopado, conhecem-se as viagens de Cerejeira a Espanha e França, quer a título particular, quer acompanhando excursões estudantis, quer em trabalho académico, como no caso do Congresso de Cádis. Investido das funções episcopais, além das várias estadias em Itália, onde haveria de participar nos trabalhos conciliares entre 1962 e 1965, foi por diversas vezes Legado Pontifício, condição em que visitou os vários territórios ultramarinos (1944), Goa, por ocasião do Centenário da morte de S. Francisco Xavier (1952), e Brasil, na inauguração da nova capital (1960).

A 29 de novembro de 1958 proferiu na Sala dos Capelos a conferência A condição do cristão na construção histórica do mundo, por ocasião da sua jubilação como Catedrático da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra. Encerrava o percurso académico cuja atividade cessara com a ordenação episcopal em 1928 que o haveria de conduzir à cadeira patriarcal de Lisboa e à púrpura cardinalícia no ano seguinte. Era, desde 19 de abril de 1921 sócio correspondente da Real Academia de la Historia, de Madrid, e aceitou a eleição para idêntica condição da Academia Brasileira de Letras em 1964, tendo recusado, em 1929, a eleição para a Academia das Ciências de Lisboa.

Enquanto Patriarca, quis continuar a afirma-se como historiador, dupla condição não destituída de alguma ambiguidade, o que, aliás, esteve na origem confessada da obra que Sílvio Lima publicou em 1930, Notas críticas ao livro do Sr. Cardial Cerejeira «a Igreja e o Pensamento Contemporâneo» (cf. p. 7, 2ª edição 1931) se bem que o livro de Cerejeira em questão não tivesse intenções historiográficas. Não se tendo dedicado à história eclesiástica, apoiou, mesmo financeiramente, o Centro de Estudos de História Eclesiástica que, nascendo fora da academia em 1956, viria a integrar-se em 1984 na Universidade Católica Portuguesa, instituição fundada por Cerejeira em 1968, concretizando uma intenção por si formulada enquanto professor coimbrão na década de 1920. Retirado da cátedra patriarcal, continuou a trabalhar sobre o seu pensamento de Clenardo, particularmente na tradução da correspondência do humanista flamengo (PT/AHPL/PAT14-PR).

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