A sua produção historiográfica publicada circunscreve-se ao período entre 1917 e 1928. A primeira obra corresponde à dissertação O Renascimento em Portugal: Clenardo: com a tradução das suas principais cartas, que apresentou para conclusão das provas de doutoramento, defendida a 30 de janeiro de 1918 e obtendo a nota máxima, escassos dois meses após ter completado 29 anos de idade. O segundo volume desta obra seria apresentado no concurso para professor ordinário, que não chegaria a realizar-se. Além da edição de 1917-1918, o livro seria republicado em 1926, 1949 e 1974. Seguiram-se os artigos publicados na Biblos: em 1925, Do valor histórico de Fernão Lopes – Esbôço crítico de «D. Pedro I e a sua época» do Sr. General Moraes Sarmento, Lisboa, 1924, que no mesmo ano teve edição autónoma; em 1926 e 1927, Notas Históricas sobre os ordenados dos Lentes da Universidade; em 1927, O conceito de Idade Média. Esta seria publicada em volume sob o título de A Idade Média, em 1936, e como A Idade Média na História da Civilização em 1953: estava impressa desde 1929 a parte publicada, não chegando a concluir parte substancial do que tinha planeado para os capítulos III e IV, respetivamente em torno das «Considerações sobre o papel do Cristianismo na formação da alma europeia» e «A Idade Média e os Bárbaros».

A obra que Fernando Falcão Machado deu à estampa em 1927 História de Portugal. Súmula das lições magistrais de História de Portugal (1.º ano) pelo Ex.mo Professor, Senhor Doutor Manuel Gonçalves Cerejeira, no ano lectivo de 1927-1928, na Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, que não consta ter sido rejeitada por Cerejeira e cujo primeiro biógrafo inclui na sua bibliografia, permite o acesso a alguns dos elementos mais salientes do seu pensamento historiográfico consonantes com as perspetivas que sustenta nas obras de sua lavra.

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