Logo depois do 25 de Abril de 1974, António Borges Coelho, proposto numa assembleia de estudantes, toma posse como professor auxiliar convidado à Faculdade de Letras de Lisboa. Rege a partir de então uma grande diversidade de cadeiras e seminários de História Moderna, com espírito aberto, fomentando o debate, estimulando o estudo, sendo estimado por gerações de alunos. Integra diferentes órgãos da Faculdade e a direcção de unidades de investigação, dirige a revista História e Sociedade.

As suas obras são sucessivamente reeditadas, incorporando-lhes novos elementos, resultante da investigação em novas condições. E continua a editar – Questionar a História, por exemplo, com ensaios por onde regressa às suas temáticas de sempre com renovado entusiasmo, fosse a génese do saber científico em Garcia de Orta ou o pensamento de Bento de Espinosa. O estudo, suscitando as ligações de Espinosa a Portugal, condu-lo à indagação acerca do papel da comunidade judaica na cultura portuguesa e do modo como o desenvolvimento, que esse contributo poderia ter facultado, se transferiu para o norte da Europa, por efeito do ímpeto cerceador de que a Inquisição foi instrumento fundamental. Daqui decorre o seu projecto inicial de doutoramento – Os cristãos novos portugueses na primeira metade do século XVII e Bento Espinosa, que, dada a dimensão que comportava, se ajusta no estudo “A Inquisição de Évora. Dos primórdios a 1668)”, que defende em Fevereiro de 1986.

Deslocando-se no tempo e aparentemente noutra direcção, é, no entanto, o mesmo interesse, o mesmo fascínio em torno dos temas silenciados pela historiografia dominante. Apoiado na análise quantitativa e no conteúdo dos processos da Inquisição de Évora, traça um quadro da instituição, do seu aparelho orgânico, das suas receitas e despesas, dos mecanismos e modos de funcionamento, para, de seguida, fazer ressoar como que a voz das suas vítimas, os seus gritos e as suas dores, donde vêm, quem são e como nesse conjunto se destaca o grupo dos cristãos-novos, a perseguição às gentes dos ofícios e das actividades mercantis. À política continuada da Inquisição pela perseguição, pelo terror, pela diáspora, imputou Borges Coelho um factor do atraso cultural e do subdesenvolvimento económico do reino.

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