Em 1991 presta provas de agregação com uma lição sobre João de Barros, historiador da Ásia e em 1993 alcança o grau de professor catedrático, jubilando-se em 1998, proferindo a última lição sobre o tema Lisboa na primeira metade do século XVIII, tema que sempre lhe foi particularmente caro.

Nunca deixando de publicar, edita obras que que de algum modo se vão relacionando com o intenso percurso académico – Quadros para uma viagem a Portugal no século XVI, em 1986; Tudo é mercadoria. Sobre o percurso e obra de João de Barros, em 1992, uma biografia de João de Barros, em 1997, ao mesmo tempo que continuam a sair novos volumes de Questionar a História, com ensaios, em 1994 e 1996. Já depois de jubilado inicia, em 2010 a publicação de uma História de Portugal de que em 2015 foi editado o 5º volume, a coroar uma velha e legítima vontade.

Pela sua obra passam os de baixo, as classes populares, os marginalizados e perseguidos tornados actores sociais colectivos. A influência marxista encarada deste ponto de vista era notória, se para mais não bastasse a própria opção política e ideológica que o levara à prisão. Todavia, muito mais próximo das grandes questões sociais e políticas, como que procurando uma relativa autonomização face a uma história económica, tão ao gosto de um marxismo esquematicamente determinista, aliás sem expressão na historiografia portuguesa. António Borges Coelho assumindo essa poderosa influência do marxismo não se considera a si próprio como um historiador marxista, rejeitando uma categorização não só excessiva como muitas vezes preconceituosa. Marxista, sim ao reconhecer e incorporar a importância e a influência da obra de Marx sobretudo pela utensilagem conceptual com que contribuiu para o aprofundamento da História e das outras ciências sociais e para abertura de novos continentes do conhecimento, como reconhece. Ao carácter constrangedor do determinismo económico, prefere opor os grandes quadros sociais e humanos, onde os homens, na sua diversidade, são os construtores do devir histórico. Nesse sentido, foi sempre sensível ao diálogo entre o marxismo e as correntes, como a dos Annales, que quiseram, numa perspectiva globalizante renovar a História, não deixando de fora nenhum terreno de análise e estabelecendo uma interacção permanente entre as diferentes escalas e expressões de integração social.

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