Entre 1946 e 1952 ocupará elevados cargos na UNESCO, em pelouros relacionados com a História da Ciência e a Cultura. Em 1950, a convite de Charles R. Boxer, de quem era amigo, profere uma conferência inédita, no King’s College da Universidade de Londres, onde refere as contribuições portuguesas para a Navegação Científica e Cartografia. Em 1953 num artigo da revista Imago Mundi irá anunciar The North Atlantic nautical Chart of 1421, vindo a publicar o seu estudo mais aprofundado em Coimbra, em 1954. Sobre uma carta náutica veneziana de que tem conhecimento em finais de 1949, o Autor elabora a sua tese mais ortodoxa, acerca de uma presença de navegadores portugueses nas costas do continente americano em princípios do século XV. Foi alvo de acesa controvérsia, por parte dos defensores do histórico paradigma Colombino, tendo mais tarde voltado à sua investigação, mantendo contudo inalteradas as suas convicções iniciais. Em 1960, no contexto das Comemorações do V centenário da morte do Infante D. Henrique irá publicar, em co-autoria com Teixeira da Mota, aquela que viria a ser a sua magnum opus, os Portvgaliae Monvmenta Cartographica, numa vasta investigação de 6 anos onde se inventariou a obra dos cartógrafos portugueses dos séculos XV-XVII. Em Abril 1961, a Universidade de Coimbra concederá a Armando Cortesão o título de Doutor Honoris Causa em Ciências Matemáticas, em reconhecimento académico pelos seus estudos da cartografia dos descobrimentos e em Outubro receberia o grau Honoris Causa Doctor of Letters, pela St. John University do Canadá. Ainda nesse ano, pelas mãos do presidente da República Américo Thomaz, Cortesão será agraciado com a mais elevada distinção, a Grã-Cruz da Ordem do Infante Dom Henrique, criada em 1960. No final da década de 60 iria publicar, com a colaboração de Luís de Albuquerque, a História da Cartografia Portuguesa, obra que deixaria inacabada e ainda um polémico ensaio sobre Vasco da Gama, em 1973.

Armando Cortesão foi professor de Cartografia na Universidade de Coimbra durante mais de uma década e fez parte de mais de uma dezena de academias científicas e instituições culturais nacionais e internacionais, entre as quais se salientam as Royal Geographical Society e Hakluyt Society de Londres, a Académie Internationale d’Histoire des Sciences, a National Geographical Society de Washington, a Real Academia de la História de Espanha, a Academia das Ciências de Lisboa e a Sociedade de Geografia de Lisboa.

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