Com a criação do Agrupamento de Estudos de Cartografia Antiga, integrado na Junta de Investigações do Ultramar, Armando Cortesão irá ser o director da Secção de Coimbra, anexa à Faculdade de Ciências da Universidade de Coimbra, em funcionamento desde 1960. A actividade editorial deste importante núcleo de investigação historiográfica relacionada com a expansão ultramarina, é conhecida pela publicação das séries Memórias e Separatas Verdes, com duas centenas e meia de estudos dados ao prelo entre 1961 e 2004 (dos quais a primeira centena de monografias, publicada ainda em vida de Armando Cortesão), da autoria de reconhecidos académicos, incluindo Luís de Albuquerque, Teixeira da Mota e Cortesão.

A 12 de Maio de 1960, no âmbito das comemorações Henriquinas, Armando Cortesão, em Oração proferida na sala dos Capelos na Universidade de Coimbra, subordinada ao ambiente científico no Portugal do século XV, numa fase embrionária da expansão atlântica sublinhava que: “os descobrimentos portugueses desenrolaram-se dentro do novo ambiente místico, cultural e científico criado pelo Franciscanismo, ou de este foi parte integrante, que logo de princípio alcançou Portugal”. Esta é uma atitude patriótica e nacional comum na intelligentsia portuguesa da época (também evidente na obra de Jaime Cortesão, seu irmão mais velho) que procura atribuir a primazia de grandes feitos aos portugueses.

Do ponto de vista conceptual, Cortesão tenta organizar aquela que era já uma disciplina autónoma, objecto de estudo, com conteúdos e orgânica própria. Em 1966, na entrada “História da Cartografia” da Verbo Enciclopédia, assinala a evolução dos estudos cartográficos desde a Antiguidade ao século XIX, distinguindo nos estudos histórico-cartográficos três perspectivas, Cartografia da história, Cartografia histórica e História da Cartografia. Nesta abordagem “que se ocupa da origem e evolução da técnica das cartas geográficas, sua enumeração e seu estudo sistemático através dos séculos”, encontrará quatro grandes períodos evolutivos: Cartografia clássica, Cartografia medieval, Cartografia moderna e Cartografia contemporânea. Particularizando, na história da cartografia portuguesa e novamente recorrendo à periodização, viria a definir cinco fases: Primeiro período – Infância; Segundo período – Esplendor; Terceiro período – Estagnação; Quarto período – Renovação e Quinto período - Contemporâneo.

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