Pese a varios intentos, no llegó a entrar en la Academia, lo que marcó ciertas diferencias entre su labor historiográfica y el proceso de profesionalización de la ciencia histórica. En 1875 perdió el concurso a Premio Extraordinario, que fue concedido a Menéndez Pelayo, el candidato “oficial” encumbrado por la Restauración, y con quien mantendría intensos debates que representaban la tensión entre la lectura progresista y la nacionalcatólica de la historia de España. También renunció a su candidatura a la cátedra de Historia de España previendo que no la obtendría por su vinculación al krausismo y a la Institución Libre de Enseñanza, elementos desplazados por la Restauración. En 1877 aprobó unas oposiciones a la abogacía del Estado y en 1888 accedió a la notaría, centrando su actividad intelectual en la publicación de artículos en prensa, su participación en revistas especializadas, la creación de centros culturales y ateneos y la dirección de iniciativas como el Congreso Español de Geografía Colonial y Mercantil de 1883, la Sociedad Española de Africanistas y Colonistas de 1884, la Liga de Contribuyentes de Ribagorza en 1891, la Cámara Agrícola del Alto Aragón en 1892 o la Liga Nacional de Productores en 1899. Fue miembro de la Asociación para la Reforma de los Aranceles de Aduanas, donde confluyó su librecambismo con su iberismo, lo que le llevo a defender en diferentes foros la constitución de un Zollverein peninsular, y participó en la creación de un partido de tinte populista regeneracionista: Unión Nacional, fundado en 1900 junto a Basilio Paraíso y Santiago Alba y que tuvo una efímera trayectoria. En 1890 ingresó en la Real Academia de la Historia - que premió en 1895 Estudios ibéricos - y en1901, en la Real Academia de Ciencias Morales y Políticas.

Los planteamientos políticos de Costa han generado intensos debates en la historiografía, ya que los intelectuales del horizonte del 14 y de la II República incidieron en la falta de propuestas políticas para superar su análisis decadentista, algo que viene siendo matizado por un análisis pormenorizado de las propuestas expuestas en sus obras. Lo cierto es que fue diputado en 1903 por Unión Republicana y activo abolicionista de la esclavitud -desde la dirección del Congreso Español de Geografía Colonial y Mercantil de 1883 o la dirección de la Revista de Geografía Colonial entre 1885 y 1887-, aunque al mismo tiempo fue partícipe de la creación de un imperio colonial en el norte de Marruecos, sustitutivo del trasatlántico. Su programa político fue eminentemente historicista, en tanto que encontró en el pasado recurrentes ejemplos de emulación para un presente en decadencia. De hecho, una de las confusiones ideológicas presentes en la intelectualidad española del Novecientos fue su tentativa de sustentar la modernización del país en la historia y la tradición popular. La costumbre, la historia y la tradición eran fuentes en las que se debía sustentar el sistema jurídico del país, como constataría a partir de su extensa obra sobre el derecho consuetudinario aragonés. Sus aventuras políticas, como sus tentativas académicas, acabaron en fracaso, lo que le convirtió en una voz reputada contra el sistema de la Restauración al no participar de su círculo de prebendas.

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