También podemos destacar sus aportaciones pioneras en el ámbito de diversas Ciencias Sociales: Antropología, Etnografía, Sociología, Historia del Derecho, etc., en cuyas genealogías académicas figura como predecesor o pionero. Su método era el comparatismo entre el presente y diferentes momentos del pasado, lo cual estaba cargado de intencionalidad política y no exento de anacronismo. Costa abordó la Historia del Derecho a partir de su imbricación en la cultura y la sociedad de la época, realizando lecturas socioculturales del pasado transversales a varias disciplinas. En este sentido, prestó especial atención a las fuentes que aportaba la cultura popular -refraneros, coplas, tradición oral, etc.- en la comprensión del Derecho consuetudinario, que consideraba una formulación protojurídica perfeccionada por el pueblo durante siglos. Su obra historiográfica abarcó todos los períodos, demostrando un amplio dominio de fuentes: griegas, latinas, medievales y modernas y la influencia de historiadores como Michelet, Burke, Macaulay, Carlyle, Disraeli, Guizot, Tocqueville, Mommsen, que aunaban la explicación del pasado con el ímpetu literario.

La historiografía coincide en identificar a Joaquín Costa como iberista. Sin lugar a dudas, el autor encaja en una noción cultural y esencialista del iberismo, alejada ya de los anhelos de unión ibérica decimonónica y tamizada por la teoría civilizacional de Oliveira Martins. En primer lugar, Costa es heredero de la tradición filosófica-krausista que concebía la humanidad como un órgano tendente a la homogeneidad y en el que los pueblos que compartían una historia, un espacio geográfico y un sustrato étnico comenzarían un proceso de unificación que confluiría en una organización supranacional. Esta expectativa formaba parte de un impulso más amplio regeneracionista de reorganización del mapa europeo. De hecho, los referentes del krausismo: Giner de los ríos, Labra o Salmerón se definieron iberistas o participaron de las expectativas regeneracionistas ibéricas. Así mismo, Costa había asumido el iberismo regeneracionista de la cultura política progresista que, si bien había derivado hacia postulados culturales y aliancistas a finales del XIX, pervivía una noción de la península ibérica como espacio histórico, geográfico y cultural compartido pero escindido por las luchas dinásticas y caracterizada por una idea de fracaso en términos comparativos con los procesos de unificación de Italia y Alemania. En sus notas para la Oposición a la cátedra de Historia de España señalaba que había tres niveles de estudio: la “historia general”, entendida como filosofía de la historia; la “historia humana”, que abordaría el pasado de los hombres desde sus orígenes; y la “historia ibérica”, en tanto que el pasado de ambos países peninsulares no podía abordarse de manera aislada tal y como había señalado Oliveira Martins en su Historia de la Civilización Ibérica (1879, 1ª ed., esp. en 1894). En esta idea incluía el nuevo vector de regeneración nacional: hispanoamérica. Había por tanto una unidad interna en la historia peninsular. Para Costa, el iberismo era un mecanismo de regeneración nacional –como fueran los movimientos centrípetos de Italia y Alemania- sustentado en revertir la división artificial en dos nacionalidades que compartían los mismos orígenes étnicos y culturales. A lo largo de sus obras, no ahondó de manera específica en la historia de Portugal, sino que la integró de manera genérica en una historia peninsular o española proyectada hacia un modelo territorial regenerador.

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