O final da primeira década do século XX parece ter constituído um momento de viragem para Fortunato de Almeida. Se bem que, mesmo no período anterior, as atividades de natureza política surgissem secundarizadas em função da sua militância católica, desconhecem-se, após o triunfo da República, atuações daquele âmbito. Esta, pelo contrário, manteve-se, tendo expressão, entre outros elementos, na colaboração com Lusitania – Revista Catholica Mensal, dirigida por Francisco de Sousa Veloso e que tinha Manuel Gonçalves Cerejeira como editor. Nela publicou, como «excerto inédito da História da Igreja em Portugal», A Reforma Protestante e as irreverências de Gil Vicente (Anno I, n.º 4, 1914). Procurava rebater, por um lado, as «fantasmagorias históricas» de Teófilo Braga que vira no «poeta da corte» um «precursor de Erasmo» (p. 207); e, por outro lado, o «aparato de erudição e igual firmeza de critério histórico» (p. 210) que, em seu entender, se revelavam nas Notas Vicentinas (1912) de Carolina Michaëlis Vasconcelos. Discutia-se a instituição inquisitorial – matéria em que avançou com precaução, mesmo em obras posteriores – e, a esse propósito, o papel da Igreja Católica e dos seus agentes. Destacando a singularidade das cortes ibéricas no panorama da cristandade, aponta incongruências cronológicas relativamente aos aspetos que a autora percebia, na obra do dramaturgo, como integrantes do clima que teria conduzido às reformas religiosas do século XVI e, nesse quadro, tenta rebater a hipótese de que o ambiente censório e inquisitorial teria estado na origem da retirada da corte por parte do bardo.

Mantendo o exercício da docência, o período posterior a 1910 centrou-se, no que concerne à atividade historiográfica, na elaboração das suas duas obras unanimemente consideradas mais relevantes, a saber: a História da Igreja em Portugal (HIP), obra em 8 volumes que começou a publicar em 1910, e a História de Portugal (HP), cujo início da publicação data de 1922, compreendendo 6 volumes, não tendo vivido para escrever o último previsto, que deveria abarcar o período da República. A restante produção desse período parece resultar dos trabalhos necessários a estas duas publicações que partilham um conjunto de características definidoras do posicionamento e do método historiográfico do seu autor.

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