A partir da década de 1960, já desiludido com o rumo do Estado Novo, que considerava não ter cumprido o desígnio de restabelecer a monarquia em Portugal, afasta-se progressivamente da política para se dedicar à escrita, ao ensino (no Instituto Superior de Ciências Sociais e Política Ultramarina) e à investigação. Membro da Academia Portuguesa de História, da Academia de Ciências e da Associação Portuguesa de Escritores Católicos, integrará ainda, já no final da vida, o conselho privado do duque de Bragança. Autor prolífico, das suas obras destacar-se-ão, porventura, No Limiar da Idade-Nova (1934, prémio Ramalho Ortigão), São Tomás de Aquino (1938); diversos opúsculos de índole biográfica (com destaque para um conjunto de índole legitimista, dedicado a D. Miguel); obras mais apologéticas, como A Contra-revolução (1928), Panorama do Nacionalismo Português (1932) ou Construção do Novo Estado (1938); e, em especial, a História de Portugal (prémio Alexandre Herculano, em 1941, com sucessivas reedições até à década de 1980 – sete tiragens, com 22 000 exemplares, entre 1940 e 1974 (Gonçalo Sampaio e Mello, Espólio de João Ameal, BN, p.15) e a História da Europa (iniciada em 1967, com edição completada já após a sua morte).

Paralelamente, dirigirá ou colaborará ao longo da vida numa série de publicações periódicas, com destaque para a Acção Realista, O Dia, Diário da Manhã, Diário de Notícias, Época, Ilustração Portuguesa, Integralismo Lusitano – Estudos Portugueses, Nação Portuguesa, Rumos, entre outras.

Aos seus primeiros trabalhos históricos está subjacente, na linha do pensamento tradicionalista, uma ideia geral de revisão de valores que considerava necessária para substituir aqueles que o século XIX, “falso, ilusório, perfeitamente impróprio para nos orientar e conduzir” tinha legado. Na linha do positivismo integralista, que vê a História enquanto fonte de experiência, seriam os valores históricos, no seu entender, os mais indicados para a tarefa de “esclarecer e guiar os homens desta época” (Porque escrevi a “História de Portugal”, 1941, pp. 7; 9): valores transmitidos pelo exemplo das figuras e acontecimentos que considerava “dinâmicos” e não “estáticos” (Rumo da Juventude, 1942, p. 84). Daí, por exemplo, ter escrito, com Rodrigues Cavalheiro, nas Erratas à História de Portugal, que a melhor maneira de servir o país seria “amá-lo e defendê-lo na integridade da sua História […]" e “ajudar o público a descortinar claramente a verdade, que por tanto tempo lhe ocultaram a má-fé ou a desnacionalização de tantos falsos historiadores” (Erratas à História de Portugal, 1939, sem n.º de pág.). Posição que ajuda a compreender porque João Ameal apoia, por exemplo, a censura na imprensa e o controlo historiográfico levada a cabo na Itália fascista, sobre a qual se debruça brevemente nos anos 30, realçando “o interesse particularíssimo com que se vigiam os textos históricos, não se tolerando que certos homens sem escrúpulos se entretenham a desfigurar, caluniando-se as grandes figuras e as grandes jornadas da tradição nacional.” (A Revolução da Ordem, 1932, pp. 70-73).

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