No campo da história das instituições medievais, o trabalho de Paulo Merêa deu um contributo importante. Primeiro, no domínio das instituições municipais. Merêa considerava que o estudo destas instituições permitia ao historiador “manter o contacto com os aspectos reais e vivos da sociedade” (Merêa, P. Estudos de História de Portugal, 2006, p. 439), ou seja, de certo modo, a história da vida real. Mas isto não podia implicar um afunilamento das fontes. Escreveu que não devia existir uma obsessão pelos forais (que podiam nem ser as fontes mais importantes). Do mesmo modo, os estudos não deveriam ser centrados nas magistraturas, uma vez que “a ideia municipal podia existir antes que existissem aquelas magistraturas, enquanto por outro lado se observa que pequenas povoações com juiz de sua eleição não eram havidas como concelhos” (Idem, p. 440). Mas o labor de Paulo Merêa na investigação histórica das instituições não se esgotou com os municípios. Pelo contrário, como notou A. M. Hespanha, Merêa estudou aprofundadamente a constituição feudal portuguesa, ou seja, a composição e organização das instituições medievais em Portugal. Os resultados deste tarbalho são a síntese apresentada na História de Portugal dirigida por Damião Peres, no capítulo denominado “Organização social e administração pública”.

A última fase da obra de Paulo Merêa foi consagrada ao estudo do ensino jurídico em Portugal desde o final da Época Moderna até ao início do século XX, tendo sido esses estudos reunidos pela Imprensa Nacional (Merêa, P., Estudos de História do Ensino Jurídico…, 2005. Esta última parte da sua obra pode ser dividida em dois grandes grupos. Primeiro, entre 1947 e 1957, uma perspetiva historiográfica sobre o ensino do Direito e sobre a própria Faculdade de Direito, com um foco particular no período pós-pombalino e no início do século XIX (épocas em que houve grandes mutações no ensino do Direito em Portugal). Depois, entre 1957 e 1970, questões mais prosopográficas sobre o ensino do Direito, desde listas de docentes até pequenas biografias. A maioria destes textos foi publicada em diversos números do Boletim da Faculdade de Direito. Mas houve algumas exceções, como o capítulo “O Ensino do Direito em Portugal de 1805 a 1836”, que foi o capítulo II do vol. I de Jurisconsultos Portugueses do Século XIX, publicado pelo Conselho Geral da Ordem dos Advogados. Também o “Esboço de uma história da Faculdade de Direito”, publicado em números separados do Boletim da Faculdade de Direito, foi escrito tendo em vista o vol. II desta obra, que nunca chegou a ser editado (foi publicado um segundo volume, continuação da parte 2 do vol. 1, não sendo o vol. 2 originalmente pensado, que abrangeria a criação da Faculdade de Direito) (Merêa, P., Estudos de História do Ensino Jurídico…, 2005, p. 106).

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