Nos anos 80, enquanto investigadora, Miriam Halpern Pereira lançou-se também no ambicioso projecto de reunir e compilar os manuscritos e intervenções parlamentares de Mouzinho da Silveira (de quem, na senda de Alexandre Herculano, considerava fundamental a legislação para a ruptura com o antigo regime e definação de um novo) e de boa parte dos seus éditos e inéditos, encetando assim,  com Magda Pinheiro e Valentim Alexandre, um trabalho de investigação de largo fôlego com uma equipa de pesquisadores e paleógrafos. Deste projeto resultaram dois grandes volumes perfazendo mais de 900 páginas, editados em 1989 pela Fundação Calouste Gulbenkian com estudos introdutórios seus e dos dois mencionados historiadores. Na sua apresentação, Miriam Halpern Pereira escreveu que a obra de Mouzinho da Silveira então publicada reunia  “alguns dos seus mais importantes escritos políticos de reflexão e intervenção, assim como os seus discursos parlamentares, de cuja leitura poderá colher-se uma ideia concreta da modernidade do seu pensamento jurídico e político”. O livro tornou-se um instrumento indispensável para quem estuda a primeira metade de oitocentos e o reformismo liberal.

Ao longo deste trabalho de grande fôlego historiográfico e arquivistico, o seu interesse pelo complexo problema dos arquivos de história contemporânea em Portugal cresceu e levou-a a tentar pôr à disposição dos investigadores instrumentos que os pudessem orientar no caminho, à época labiríntico, desses mesmos arquivos. Nesse sentido, publicou, com Maria José Silva Leal, sob a égide de Joel Serrão, o Roteiro de Fontes da História Portuguesa Contemporânea(3 volumes, INIC, 1985), que constituiu durante anos a principal bússola para essa orientação .

No final dos anos 80 e início dos anos 90 lançaria ainda mais um outro importante projecto colectivo financiado desta vez pela JNICT, intitulado A Crise do Antigo Regime e as Cortes Constituintes de 1821-1822, na esteira do que Albert Sibert fizera em relação à Comissão da Agricultura das Cortes em Le probème agraire portugais au temps des premières “Cortès” liberàles. O seu objectivo era estudar e publicar uma selecão de  petições enviadas para outras cinco  Comissões das Cortes,  da Comissão das Artes e Ofícios, à da Fazenda e da Justiça Civil, passando pela Comissão da Saúde Publica . Ao longo da pequisa, o objectivo alargou-se passando também a incluir alguns dos muitos projectos e memórias enviados às Cortes, incluindo sobre matéria constitucional, que forneciam uma visão mais completa da expectativa e vontade de participação na vida pública que acompanhou a revolução de 1820 e a reunião do “Soberano Congresso”.  Deste projecto resultou a publicação em 1992 pelo CEHCP e pelas Edições João Sá da Costa de cinco livros um dos quais de sua autoria.

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