Estes seus trabalhos e outros que lhes seguiram e sobretudo o vasto conhecimento que possuía dos arquivos e da sua precária situação e dificil acesso, espelhado no Roteiro das Fontes de História Contemporânea, bem como nas suas múltiplas intervenções públicas alertando para a necessidade de preservação e organização dos arquivos de história contemporânea, estiveram na origem da sua nomeação para Directora-Geral do Arquivos Nacionais/Torre do Tombo tendo sido, em Portugal, a primeira mulher a ocupar este cargo (2001-2004). Do seu desempenho cabe sublinhar a importância que atribuiu aos acervos documentais de história contemporânea, geralmente secundarizados em favor dos relacionados com a história moderna e medieval, e à incoporação no arquivo nacional de importantes fundos que se encontravam dispersos, além da publicação do 1º diagnóstico de alguns dos arquivos intermédios da função pública e o 1º plano de digitalização.

Em 2009, pouco depois da sua aposentação, celebrando a sua carreira de historiadora, foi publicado o livro Desenvolvimento económico e mudança social. Portugal nos últimos dois séculos: homenagem a Miriam Halpern Pereira. A obra contou com um amplo leque de participantes de diversas universidades e tendências historiográficas e foi organizada a partir de alguns dos temas sobre os quais mais trabalhou e produziu: “Economia e políticas económicas”, “Crescimento Urbano e Mudanças Sociais”, “Emigração e movimentos migratórios”, “Mudança Política e Institucional”, “Conceitos, arquivos, historiografia”, onde estão desenhados quatro dos seus temas de eleição e em que cabe sublinhar importantes linhas de continuidade. Estão nesta categoria os estudos sobre emigração, que prosseguiu durante quase toda a sua carreira, os trabalhos sobre a economia portuguesa, em particular sobre o desenvolvimento económico que também a interessaram sempre, a historiografia, além dos arquivos, e estudos sobre os projectos e políticas e sociais dos liberalismos de onde emerge um profundo interesse pelo associativismo e o mutualismo associados à “questão social” e às origens do Estado Providência. E também o complexo problema da cidadania, quase sempre presente nas suas obras sobre o liberalismo e a 1ª República orientadas para a história social. Os seus estudos no universo da história económica do século XIX foram por vezes objecto de críticas, em registo polémico, por parte de alguns dos seus pares, a que foi respondendo em obras subsequentes. Tal não obstou a que, mais tarde, em 2005, viesse a ser homenageada pelo Congresso da APHES, tendo alguns desses mesmos críticos colaborado também no já referido livro de homenagem que lhe foi consagrado em 2009.

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