Foi ainda Diretor do Arquivo Nacional do Rio de Janeiro (de 1958 a 1964), conferencista da Escola Superior de Guerra (de 1957 a 1964), e secretário executivo do Instituto Brasileiro de Relações Internacionais (entre 1964 e 1968, quando dirigiu também a Revista Brasileira de Estudos Internacionais). Entre as décadas de 1930 e 1960, escreveu uma grande quantidade de artigos publicados em jornais e revistas como Jornal do Brasil, Época, Idéia, Revista do Brasil, O Jornal, Nova Atlântida, Jornal do Comércio, Diário de Notícias, Correio da Manhã, Tribuna da Imprensa (todos do Rio de Janeiro), Diário de São Paulo, Estado de Minas, Diário do Paraná, Diário de Pernambuco e Tribuna de Petrópolis.

A primeira publicação de José Honório Rodrigues - o artigo “A civilização holandesa no Brasil”, no Jornal do Brasil de 19 de junho de 1936 - esboçava, de modo contundente, uma de suas marcas como historiador: um olhar sobre o Brasil para além do Brasil, aqui voltado igualmente para a história dos Países Baixos do século XVII. Tal publicação preparava o terreno para o trabalho premiado pela Academia Brasileira de Letras em 1937, e seu primeiro livro três anos depois. Nele, embora o autor mencionasse a ausência de qualquer “sentido de uma verdadeira criação colonial” da parte dos holandeses, que no Brasil só se interessariam pelo “saque” e pela “pilhagem” (Civilização holandesa no Brasil, p.318), o que se vê logo em seguida é a clássica apologia do empreendimento colonial holandês, visto como mais positivo, civilizado, urbano e fino do que o português, rural, atrasado e grosseiro. Uma segunda marca da produção de Rodrigues se mostrava aqui: uma concepção evolucionista de história, a ensejar, com frequência, avaliações de fenômenos segundo uma escala de positividade estabelecida de antemão.

Uma terceira marca doravante constante de sua produção seria a preocupação com as fontes e as condições de pesquisa em história do Brasil, resultante nos índices anotados da Revista do Instituto do Ceará (Fortaleza, Imprensa Universitária do Ceará, 1961) e da Revista do Instituto Arqueológico, Histórico e Geográfico de Pernambuco (Recife, 1961), em muitas edições de documentos históricos e de catálogos, em Historiografia e bibliografia do domínio holandês no Brasil (1949) e, finalmente, naquela que seria possivelmente sua obra mais importante: Teoria da história do Brasil (1949).

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