Posteriormente, converter-se-ia em uma espécie de nacionalista liberal, a defender o que considerava interesses nacionais e estratégicos da sociedade brasileira, em sintonia com as políticas públicas praticadas pelo governo presidencial brasileiro de Juscelino Kubitschek (1956-1961). A partir do golpe que instituiu uma ditadura em 1964, Rodrigues se tornaria um crítico ao regime, por ele visto como uma modalidade de “generalismo presidencial”. No entanto, e a despeito de muitas críticas dirigidas aos governos militares brasileiros (como sua submissão passiva e extrema aos Estados Unidos em questões de política externa, e à qual contrapunha uma proposta de priorização de relações com os países africanos e com a China comunista), Rodrigues insistiria em ver nas Forças Armadas brasileiras uma instituição patriótica e historicamente garantidora de interesses nacionais legítimos (aliás, até 1969 receberia convites para exercer atividades na Escola Superior de Guerra).

De modo mais preciso, sua proposta analítica de história da historiografia no Brasil foi construída com base em diagnósticos acerca dos arquivos estrangeiros depositários de fontes para a história do Brasil, bem como de bibliotecas e centros de pesquisa realizados em suas viagens internacionais na década de 1940. Rodrigues via um “atraso” do Brasil em relação a países onde o pensamento histórico e suas correspondentes pesquisas empíricas estariam “mais adiantados”; esta seria, talvez, a primeira das dicotomias a, doravante, estruturarem seu pensamento: falava em “verdadeira” e “falsa historiografia”, supostamente classificáveis por critérios “técnicos” e “epistemológicos”, e em “historiadores progressistas” (dentre os quais seus preferidos seriam Capistrano de Abreu e Gilberto Freyre) contrapostos a “historiadores reacionários”.

No tocante mais especificamente a sua teoria de uma História do Brasil (formulada no livro de 1949), Rodrigues seria influenciado por autores de começos do século XX (principalmente norte-americanos e alemães) como Eduard Meyer, Wilhelm Bauer, Langlois & Seignobos, Zacarias García Villada, Horner Hockett e Frederick Fling. Mas seria com base na obra de Ernst Bernheim que Rodrigues conceberia quatro fases “científicas” de evolução do conhecimento histórico, agora aplicadas ao Brasil: 1) uma História narrativa, típica de simples crônicas; 2) uma História pragmática, ou seja, aquela tida como subsídio de uma concepção de “mestra da vida”; 3) uma História genética, cientificista e pretensamente objetiva; e 4) uma História reflexiva, ideal, e que apenas se esboçaria no Brasil.

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