Rodrigues chegaria inclusive a propor a criação de um Instituto de Pesquisa Histórica no Brasil, destinado a formar historiadores profissionais e, com isso, a diminuir o “atraso” no pensamento histórico brasileiro que tanto o incomodava (nota-se, aqui, um indício do caráter fortemente auto-referente de sua obra: pois não apenas dito Instituto, se fosse criado, deveria ser por ele dirigido, como também nas sucessivas edições da obra na qual elaborou a proposta de sua criação – A pesquisa histórica no Brasil, de 1952 – dedicou algumas linhas a si mesmo, destacando sua atuação como historiador).

Desse esquema evolutivo e teleológico de um suposto “desenvolvimento” da pesquisa e do saber histórico no Brasil sobressai uma dicotomia mais ampla, entre “o velho” e “o novo”, e que teria implicações importantes em suas obras mais ensaísticas e interpretativas da realidade brasileira a partir da década de 1950, como Aspirações nacionais e Conciliação e reforma no Brasil. De acordo com José Honório Rodrigues, desde os tempos coloniais haveria no Brasil uma tradição à “conciliação”, um modus operandi das elites brasileiras para se evitar choques de interesses e conflitos violentos e abertos com “o povo” (tal tradição teria sido inaugurada por Diogo Álvares em seus contatos com as populações indígenas na região da Bahia no início do século XVI). O resultado dessa longa trajetória de “conciliação” seria o tendencial e preponderante impedimento do “povo” como protagonista da história brasileira.

No entanto, a despeito de uma persistente visão dessa história como pacífica – criticada por Rodrigues -, nela se observariam períodos nos quais os conflitos de interesse não seriam devidamente arranjados pela “conciliação”, e nos quais as reivindicações do “povo” por maior participação política teriam extrapolado a capacidade conciliatória das elites, resultando em episódios significativos de uma história cruenta. Mesmo assim, segundo Rodrigues, nunca teria havido uma revolução vitoriosa na história do Brasil.

Sua visão da Independência ilustraria bem essa tese. Em seus cinco volumes dedicados ao tema (divididos em: 1 - A evolução política; 2 - Economia e sociedade; 3 - As forças armadas; 4 - A liderança nacional; e 5 - A política internacional), constrói uma interpretação supostamente “progressista” da história, enxergando um movimento de início popular, jacobino e nacionalista, embasado em sentimentos nacionais brasileiros pré-existentes, contrário a Portugal e sustentado pelas forças armadas, mas logo sufocado por uma contra-revolução elitista que, uma vez vitoriosa, implicaria no triunfo da conservação. De todo modo, e em direção a um outro extremo interpretativo, a Independência não teria nada de um desquite amigável, como ainda se sustentava (e se sustenta muitas vezes) na historiografia.

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