No ano seguinte, tal linha de trabalho prosseguiria com a publicação das Fontes da história do Brasil na Europa (Rio de Janeiro, Imprensa Nacional, 1950) e de outro livro que se mostraria bastante influente: A pesquisa histórica no Brasil: sua evolução e problemas atuais (1952). Dois anos depois, organizaria e prefaciaria a publicação da correspondência de Capistrano de Abreu (Rio de Janeiro, Ministério da Educação e Cultura/Instituto Nacional do Livro, 1954) e assinaria uma obra de história regional, O continente do Rio Grande (Rio de Janeiro, Edições São José, 1954). Ao tempo em que suas obras circulavam cada vez mais no Brasil, Rodrigues teria partes dela editadas no México em dois volumes traduzidos ao espanhol, ambos pelo Instituto Panamericano de Geografia e História: Historiografia del Brasil. Siglo XVI (1957), e Historiografia del Brasil. Siglo XVII (1963).

A década de 1960 assinalou uma nova ênfase na produção intelectual de José Honório Rodrigues, esboçada anteriormente em pequenos artigos, e doravante voltada também à interpretação de aspectos amplos e duradouros da trajetória histórica do Brasil no passado e no presente. Dela resultariam duas obras de caráter ensaístico e de grande tiragem e sucessivamente reeditadas: Brasil e África (1961), com 10 mil exemplares; e Aspirações nacionais (1963), com 20 mil exemplares, ambas traduzidas para o inglês (Brazil and Africa, Berkeley/Los Angeles, University of California Press, 1965; e The Brazilians – their character and aspirations. Austin, University of Texas Press, 1967). Mas é certamente com Conciliação e reforma no Brasil, de 1965, que tal ênfase se consolida, embora sem implicar o abandono de suas preocupações com a história da historiografia, como atesta a publicação, ainda em 1965, de História e historiadores do Brasil (São Paulo, Fulgor, 1965). Uma terceira vertente se somaria a estas duas a partir de seus estudos acerca das relações internacionais do Brasil, permeados por propostas de intervenção política, como as encontradas em Interesse nacional e política externa e em Vida e história, ambos de 1966, aos quais se seguiria, quatro anos depois, novo livro sobre a escrita da História: História e historiografia (Petrópolis, Vozes, 1970).

A nova década encontraria agora um historiador disposto a centrar parte significativa de suas atenções também à história da Independência e do Império do Brasil, com a publicação de três obras a respeito: A assembleia constituinte de 1823 (Petrópolis, Vozes, 1974), Independência: revolução e contra-revolução, em 5 volumes (1975-76), e Conselho de Estado: o Quinto Poder? (Brasília, Senado Federal, 1978).

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