Pouco tempo esteve, porém, nesse cargo, pois a reforma dos cursos das Faculdades de Letras e a introdução de novas cadeiras curriculares (decreto n.º 41.341, de 30 de Outubro de 1957) iriam levá-lo de novo para Coimbra e para a Universidade onde se havia formado em Direito. Para isso concorreu o trabalho de pesquisa nos arquivos e bibliotecas e a consequente publicação pela revista Biblos, da Faculdade de Letras de Coimbra, em 1952, do seu primeiro trabalho propriamente historiográfico, longo como muitos dos que viria a editar: Portugal e a Cultura Europeia. Sécs. XVI a XVIII (1952 e 2006). O Conselho Escolar da Faculdade de Letras, em Novembro de 1958, convidou-o a vir reger a cadeira de História da Cultura Portuguesa, criada pela referida reforma de 1957, à qual se seguiram as disciplinas de História da Cultura Moderna e de História da Filosofia em Portugal (esta do grupo de Filosofia).

Assim, Silva Dias, com 36 anos, iniciava-se verdadeiramente como historiador, e com 42 como professor universitário de História (e de História da Filosofia), embora as suas cadeiras de História da Cultura fizessem parte das chamadas “disciplinas não agrupadas”. Na verdade, surgia fora do contexto de uma carreira universitária comum, que normalmente se iniciava como segundo assistente e com as subsequentes provas de doutoramento. E afinal iria suceder a um dos maiores mestres da Faculdade de Letras, Joaquim de Carvalho, que entretanto falecera, em 27 de Outubro de 1958. Em congregação de 5 de Maio de 1961, o Conselho Escolar da Faculdade de Letras concede-lhe o grau de doutor em Filosofia, cujas insígnias viria a receber solenemente, de acordo com o cerimonial conimbricense, em 20 de Março de 1966. Em 1969 presta provas para professor agregado e no ano seguinte toma posse do lugar de professor catedrático. A sua actividade não se limitou, contudo, a ensinar e a investigar. Exerceu sobre os estudantes um grande fascínio que tanto se caracterizava pelo respeito em relação à sua grande exigência, como pelo gosto de alguns por percorrerem caminhos nunca trilhados nos cursos que frequentavam, nomeadamente no curso de História.

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