Após mais alguns anos de ensino e pesquisa, por vezes com algumas polémicas internas, sobretudo relativamente à organização dos cursos, jubilou-se em 9 de Fevereiro de 1986. Em 28 de Junho foi-lhe concedida a grã-cruz da Ordem da Instrução Pública. Não deixou de continuar a trabalhar na pesquisa, mas pouco mais publicou, sobretudo pelos desgostos familiares que acompanharam o fim da sua vida, que terminou em 23 de Novembro de 1994. Sua esposa, a investigadora Graça Silva Dias, que o acompanhou no seu trabalho e com ele colaborou directamente em algumas obras, veio a falecer em Dezembro de 2006. O Instituto de História e Teoria das Ideias da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, que continua a existir, embora sem carácter institucional, a título póstumo prestou-lhe uma homenagem, atribuindo à sala onde se encontra instalado o nome de “Sala Silva Dias”. O núcleo principal da sua biblioteca privada foi adquirido em 2004, por um preço simbólico, pela Faculdade de Letras de Coimbra, onde se encontra armazenado e à espera de um lugar que dignifique o mestre e bibliófilo que a constituiu.

A obra publicada por J. S. da Silva Dias é extensa. Pode ser consultada a bibliografia completa, até 1986, num dos volumes citados (vol. 8) que, como se disse, a Revista de História das Ideias lhe dedicou, sobre o tema “O Sagrado e o Profano”, escolhido por se considerar adaptado a uma das preocupações basilares que Silva Dias demonstrou, no domínio da concepção filosófica e da prática historiográfica. As obras publicadas são sobretudo referentes à Época Moderna. Entre os seus muitos artigos historiográficos, podem destacar-se os estudos sobre o pombalismo e alguns referentes já à época liberal. Colaborou ainda com vários artigos no Dicionário de Literatura Portuguesa, Galega e Brasileira, dirigido por Jacinto Prado Coelho (Porto, 1957-1960, e 1969), e no incompleto Grande Dicionário de Literatura Portuguesa e Teoria Literária, dirigido por João José Cochofel (Lisboa, 1972). Escreveu mais de 30 recensões a livros portugueses e estrangeiros, actividade que demonstra também o sentido crítico de Silva Dias. Sobre a Universidade e o ensino, para além dos artigos de história das instituições, escreveu, como se sugeriu, vários artigos de intervenção, de que se referem, como exemplo, os seguintes: “A reforma da Universidade e os seus problemas” (Brotéria, vol. 93, 1971), “A reforma do sistema educativo” (Expresso, 31 de Março de 1973), “A reforma e as reformas na Universidade” (Diário de Lisboa, 2 de Julho de 1974), “Políticas de educação” (A Capital, 3 de Dezembro de 1974), “A Universidade de ontem e de hoje. O poder da rotina contra o poder da lucidez” (Critério, n.º 7, Outubro de 1976), “A Universidade que temos, a Universidade que queremos” e “Uma Universidade competente, uma Universidade eficiente” (Expresso, respectivamente, 3 e 9 Setembro de 1976), “I. Que ensino superior? Universidade e cultura. Regime de austeridade, mas não de pobreza” e “II. Que ensino superior? Democracia na Universidade: em defesa do diálogo e da participação” (Portugal Hoje, 26 e 27 de Maio de 1981), “Da carreira universitária à carreira da Universidade” (O Jornal, 28 de Maio de 1981) e “Uma Universidade para o Portugal de hoje” (Diário de Notícias, 17 de Junho de 1981).

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