Ocupou-se em pesquisar o papel dos sertanistas da capitania de São Paulo na exploração e ocupação do território brasileiro, dedicando-se, especialmente, ao estudo de aspectos variados do cotidiano da História de São Paulo e, assim, encontrou no Museu Paulista as condições ideais para localização e publicação de documentos que contribuíram para a invenção de uma iconografia paulista do período colonial. Permaneceu nesse cargo até 1945 e consagrou-se como um dos principais historiadores de seu tempo sendo eleito para Academia Paulista de Letras e para a Academia Brasileira de Letras em 1929. Inaugurou, em 1934, a Cátedra de História da Civilização Brasileira no curso de História e Geografia da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da, hoje renomada, Universidade de São Paulo. Tal proeminência lhe valeu a indicação e eleição como membro honorário, aos 27 de dezembro de 1944, para a prestimosa American Historical Association ao lado de Johan Huizinga, D. Rafael Altamira y Crevea, Pierre Caronm, Albert Pollard, Georg Macauley Trevelyan e Domingo Amnátegüi y Solar.

Sua principal obra, História geral das bandeiras paulistas, carrega como subtítulo o dístico principal de sua perspectiva historiográfica: escrita à vista de avultada documentação inédita dos arquivos brasileiros, espanhóis e portugueses. Essa obra se caracteriza pela busca da verdade moderna por meio da crítica interna e externa das fontes, conforme as indicações de Charles-Victor Langlois (1863-1929) e Charles Seignobos (1854-1942), pelo confronto com as produções a respeito do tema e, sobretudo, por meio das orientações de João Capistrano de Abreu (1853-1927).

Ao narrar os documentos depurados pela crítica documental e pelo diálogo com as outras produções do período, ele construiu uma História épica das bandeiras paulistas e colaborou para a criação das narrativas fundamentais para a formação da identidade de São Paulo. Esse trabalho monumental resultou em onze volumes, publicados entre 1924 e 1950, dedicados a provar sua tese de que São Paulo foi o centro irradiador dos “bravos” sertanistas que desbravaram o Brasil, transformando uma pequena extensão de terra, delimitada pelo Tratado de Tordesilhas, em uma nação quase continental. Sua perspectiva histórica se contrapunha à chamada “história batalha” dedicada à história militar e administrativa e se vinculava à ruptura historiográfica operada por Capistrano de Abreu, voltando-se para o estudo da história econômica, religiosa, literária, artística e científica.

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