A sua obra sublinhou sempre a necessidade de cruzamento interdisciplinar dos estudos sobre música com os dos demais ramos da cultura e da arte, bem como da perspectivação da história da música portuguesa num quadro mais geral, quer este fosse o da evolução musical europeia quer, mais especificamente, o do contexto ibérico e ibero-americano. O seu ensino, além disso, acentuou a imprescindibilidade da interligação da pesquisa musicológica da música antiga com a prática interpretativa. Quando em 1958 a Fundação Calouste Gulbenkian (FCG) tomou a decisão de constituir uma Comissão de Musicologia, para a qual convidou M. S. Kastner, M. de Sampaio Ribeiro e M. Joaquim, o primeiro depressa acabaria por assumir de facto as funções de consultor musicológico daquela instituição, assegurando, designadamente, a orientação editorial da série Portugaliae Musica . Nas edições modernas desta série, como na de estudos musicológicos que a FCG paralelamente foi publicando, foram-se evidenciando – a par com a obra monumental de edição de J. A. Alegria, já atrás referida – os trabalhos de sucessivas gerações de discípulos do próprio Kastner, como Gerhard Doderer, Cremilde Rosado Fernandes, Luís Pereira Leal, Manuel Morais, Rui Vieira Nery ou Manuel Carlos de Brito. Ainda que com um menor impacte na evolução da musicologia portuguesa, outros investigadores estrangeiros debruçaram-se, a partir dos anos 60, sobre a história da música portuguesa, entre eles Robert Stevenson (fontes portuguesas nos arquivos latino-americanos), Klaus Speer (repertório organístico do século xvii ), Klaus Heimes (C. Seixas), Gérard Béhague (modinhas luso-brasileiras), Edward H. Tarr (música para a Charamela Real), Jean-Paul Sarrautte (João Domingos Bomtempo, Marcos Portugal) ou Joseph Scherpereel (a orquestra da Real Câmara). Entretanto, Maria Augusta Barbosa terminava em Colónia o primeiro doutoramento em Musicologia de um investigador português e após uma difícil luta institucional conseguia fundar em 1981, na Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, a primeira licenciatura em Ciências Musicais no país, onde ensinariam igualmente J. de F. Branco, a compositora Constança Capdeville, G. Doderer e Salwa Castelo-Branco, estes dois últimos diplomados pelas universidades de Würzburg (Alemanha) e Columbia (EUA). A este corpo docente viriam a juntar-se desde então diplomados pelas universidades de Londres (Manuel Carlos de Brito), Texas (R. V. Nery), Berlim-Humboldt (Mário Vieira de Carvalho), Princeton (Manuel Pedro Ferreira) e Estrasburgo (Paulo Ferreira de Castro), assegurando um curriculum de perfil internacional que a partir de 1993 se estenderia também ao mestrado. Também a Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, mais uma vez pela iniciativa de M. A.

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