Barbosa, entretanto jubilada, estabeleceria paralelamente um mestrado em Ciências Musicais, ao mesmo tempo que iam surgindo, na década de 90, os primeiros doutoramentos em Musicologia pelas universidade portuguesas – Aires Pereira, Luísa Cymbron e Elisa Lessa (Universidade Nova de Lisboa), Arménio da Costa Júnior (Aveiro) e José Maria Pedrosa Cardoso (Coimbra) – e prosseguiam os doutoramentos de musicólogos portugueses em universidades estrangeiras – Gabriela Gomes da Cruz (Princeton), João Soeiro de Carvalho, Maria de São José Côrte-Real (Columbia), Maria João Serrão (Paris VIII). A rede de formação universitária musical ao nível da licenciatura em breve se estenderia às universidades de Aveiro, Évora, Minho e Católica do Porto, ao mesmo tempo que o ensino politécnico expandia igualmente os seus programas de formação tanto de intérpretes e compositores como de professores. Este crescimento da rede pedagógica musical no ensino superior é possibilitado, no que respeita à cobertura docente nas disciplinas de teor musicológico, pela formação nos últimos vinte anos do século xx de largas dezenas de licenciados – e já de algumas de mestres – em Ciências Musicais, precisamente o mesmo fenómeno que alimentava maioritariamente, no final do século, a docência de História da Música nos conservatórios, escolas profissionais e academias de música de nível secundário. Do mesmo modo, os jovens diplomados em Ciências Musicais têm vindo a conquistar um lugar de relevo em sectores da nossa vida musical como a crítica, o jornalismo, a produção radiofónica e televisiva ou a organização de concertos e outros eventos musicais, impondo na sociedade portuguesa o consenso em torno da necessidade de uma formação musical teórica especializada para o desempenho destas funções, que eram tradicionalmente ocupadas por melómanos autodidactas. Infelizmente esta formação profissional de musicólogos, a todos os níveis académicos, não tem sido acompanhada do reforço das estruturas institucionais de apoio à investigação musicológica propriamente dita. Em 1976, o crítico de música Humberto d’Ávila foi nomeado responsável de um Serviço de Musicologia no seio da então Direcção-Geral, depois Instituto Português do Património Cultural (IPPC), que iniciou uma recolha importante de documentação histórico-musical, onde se incluíam transversalmente partituras, libretos, registos, fonográficos, iconografia, documentos oficiais, programas de concertos, instrumentos musicais e aparelhos de gravação e reprodução sonora. Em 1990, no entanto, a cisão orgânica do IPPC nos institutos portugueses do Património Arquitectónico (IPPAR) e dos Museus (IPM) levou à extinção deste departamento e à dispersão do seu espólio por outras instituições, muitas das quais não vocacionadas para darem continuidade de forma eficaz ao trabalho pioneiro anteriormente iniciado. Em 1990, a Biblioteca Nacional criava, sob a responsabilidade de João Pedro d’Alvarenga a sua Área de Música, para onde convergiram os fundos musicais até então dispersos pela Leitura Geral, e que em 1997 foi ampliada sob a forma de um Centro de Estudos Musicológicos, no final do século dirigido por M. C. de Brito.