Boxer veio ainda a residir nos Estados Unidos, integrando a Universidade de Yale entre 1967 e 1972 na qualidade de Professor de História da Expansão Ultramarina Europeia e lecionando como convidado em várias outras universidades, em particular a de Indiana. Retirou-se depois da vida académica ativa, regressando a Inglaterra, mas continuou a viajar, a dar ocasionais palestras e a escrever, embora sem a mesma frequência.

O trabalho historiográfico de Boxer inscreve-se em várias áreas de interesse, fortemente ligadas entre si. Numa fase inicial, o seu foco estava sobretudo centrado no Oceano Índico e na Ásia oriental, nos séculos que se sucederam ao primeiro contacto europeu com esses espaços. Escreveu sobre as primeiras relações entre o Japão e o Ocidente, mas também sobre Macau, a China e o sudeste asiático nessa ótica, dando foco à forma como as fontes europeias caracterizam as novas culturas com que se encontram e interagem. Nesses contactos vê os princípios do Orientalismo, termo que para este Autor não tem a conotação negativa que lhe daria Edward Said. A sua paixão pelo colecionismo erudito levou-o a catalogar e editar um grande número de obras literárias, tratados medicinais, relatos de viagem e outros documentos, na sua maioria originários dos séculos XVI a XVIII. Através desta base, estudou a história cultural no mesmo universo índico, em perspetivas como a história da edição, do conhecimento científico, das trocas interculturais, etc.

Não descurando essas temáticas, pode afirmar-se que o objeto do mais intenso estudo de Charles Boxer foram os impérios marítimos europeus, nomeadamente o português, o holandês e o espanhol – por ordem decrescente de atenção que dedicou a cada um (debruçou-se de forma mais esporádica sobre aspetos e agentes ingleses e franceses). Insere-se nestas áreas a maioria dos livros que publicou. Esses impérios levaram-no a sair da sua zona geográfica de eleição e a interessar-se também pelo Brasil e pela África ocidental. Procurou sintetizar as origens, características e funcionamento dos poderes talassocráticos, bem como traçar a narrativa das suas rivalidades e disputas. Nos navegadores portugueses e holandeses o britânico via os precursores do império da sua própria pátria, que tinham aberto o caminho à existência deste último. Sem chegar a adotar um discurso laudatório ou apologético, está presente nas suas obras uma certa apreciação positiva do papel histórico desses impérios. Essa nota é menos notória nos seus escritos mais tardios, à medida que o panorama internacional – e, presumivelmente, o Autor – se transformava.

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