Aparte deste percalço (cujas consequências foram, de resto, passageiras), Boxer esteve sempre intimamente ligado ao meio historiográfico português e a par dos desenvolvimentos mais recentes no mesmo, chegando a escrever artigos sobre o tema. Uma lista não extensiva dos historiadores e eruditos portugueses que cita nas suas obras inclui, para além dos já referidos Magalhães Godinho e Armando Cortesão, Damião Peres, Avelino Teixeira da Mota, Alexandre Lobato, António da Silva Rego, Orlando Ribeiro, Marcelo Caetano, Panduranga Pissurlencar, Virgínia Rau, Oliveira Marques e Jaime Cortesão, entre outros. Sempre cioso da sua neutralidade, o Autor referia e elogiou tanto historiadores afetos ao regime como mais próximos da oposição, não parecendo querer comprometer-se nem afastar-se de nenhum dos lados.

Já no campo mais reduzido dos historiadores lusitanistas não-portugueses, este Autor ocupou uma posição de centralidade. Como foi referido, era o herdeiro de Edgar Prestage em King’s College, e fundamentou-se por vezes nos seus trabalhos, bem como nos de outros predecessores, como George McCall Theal. Citou com maior ou menor frequência colegas – James Duffy, Eric Axelson, Richard J. Hammond, Harold Livermore, Elaine Sanceau, etc., e foi por sua vez citado por estes. Travou também conhecimento e nalguns casos relações pessoais com a “geração seguinte”, de que o melhor exemplo é talvez A. J. R. Russel-Wood.

O trabalho e contributo de Charles Boxer para a história dos impérios marítimos europeus e do Oceano Índico foi amplamente reconhecido e o Autor homenageado. Recebeu doutoramentos honoris causa das universidades de Utreque, Lisboa, Baía, Liverpool e Hong Kong. Entre as várias honras e distinções que lhe foram conferidas, podem salientar-se a Ordem de Santiago da Espada e a Grande Cruz da Ordem do Infante Dom Henrique, portuguesas, e o grau de cavaleiro da Ordem de São Gregório o Grande, pelo Vaticano, esta última devido aos seus trabalhos sobre história da missionação. O historiador faleceu na sua casa, em 2000. Tinha 96 anos.

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