Outros aspetos relevantes da escrita historiográfica deste Autor incluem um uso amplo da história comparativa (especialmente analisando em paralelo os vários impérios ou as múltiplas realidades dentro destes), o uso extensivo e meticuloso das fontes documentais (tendo travado conhecimento de fundos arquivísticos em Lisboa, Évora, Coimbra, Goa, Macau, Luanda e o Vaticano, para referir apenas alguns) e a procura da neutralidade histórica e rigor científico que o levou a demarcar-se de pontos de vista que considerava parciais ou comprometidos. Efetivamente, nunca se inseriu em nenhuma corrente ou “escola” historiográfica e manteve-se, regra-geral, afastado das polémicas e debates que dividem os historiadores.

Existe, porém, uma exceção importante, um caso em que tomou uma posição clara e a defendeu com vigor nas suas obras e na esfera pública: a questão do luso-tropicalismo e da discriminação racial no espaço imperial português. Opositor moderado do Estado Novo e sempre crítico de politizações da história, Boxer combateu a narrativa, fundada em parte numa interpretação abusiva das teorias do sociólogo brasileiro Gilberto Freyre, de que os portugueses eram mais predispostos à tolerância do que os restantes europeus (e à “miscigenação”) e, consequentemente, não teria existido no passado discriminação por linhas raciais nas suas colónias. Numa série de palestras, publicadas em formato de livro em Race Relations in the Portuguese Colonial Empire 1415–1825 (1963), o historiador apresentou numerosos exemplos de discriminação institucional e social nessas linhas, argumentando que Portugal não era um caso único e que a discriminação e racismo faziam parte da sua experiência colonial, embora porventura em “menor grau” que das restantes. Realçava também as diferenças presentes em diversos tempos e locais. Independentemente dos méritos da sua análise, esta posição valeu-lhe ataques de historiadores portugueses afetos ao regime salazarista, em especial de Armando Cortesão – que Boxer citara noutras obras e de quem fora inclusive seu amigo pessoal. O governo português das décadas de 1950-60 via a ideologia histórica luso-tropicalista como essencial para a manutenção das províncias ultramarinas num mundo progressivamente mais anticolonial, pelo que o historiador britânico, até então encarado como um amigo de Portugal e um aliado da sua causa, era agora acusado de a ter atraiçoado, juntando-se à legião de críticos, sabotadores e inimigos estrangeiros. Naturalmente, o Autor defendeu-se destas acusações, não sem o apoio de alguns, tanto portugueses como estrangeiros. Contudo, não se converteu num crítico regular do regime e da sua história oficial colonialista como fizeram outros historiadores do mesmo período, caso de James Duffy e Basil Davidson ( CURTO, “The Debate on Race Relations…”, 2013, oferece uma excelente explanação do papel de Boxer nesta controvérsia ). Charles Boxer era politicamente um conservador, sem o radicalismo anticolonial desses seus contemporâneos, e não parece ter tido objeções à continuidade da ocupação portuguesa dos territórios africanos.

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