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Em sua opinião, a expedição de apresamento de indígenas comandada por Raposo Tavares, nunca fora uma “bandeira para expandir os limites territoriais”, como propugnava a historiografia nacionalista e regionalista paulista, especialmente nas décadas de 1940. SBH buscou desvelar a ideologia bandeirista que alicerçava a ocupação de territórios indígenas na região Centro-Oeste (Mato Grosso e Amazônia), designada por “marcha para o oeste” pelos governantes, naquele momento.
Neste mesmo contexto historiográfico, Jaime Cortesão defendia que a expansão portuguesa pautara-se pela razão geográfica (Alexandre de Gusmão e o Tratado de Madrid, 1952) e para tanto, o historiador exilado no Brasil, valeu-se dos mapas antigos, em que figuram uma formação lacustre conectando as duas bacias do Prata e do Amazonas. Essa evidência geográfica, ao seu ver, era suficiente para definir os limites territoriais entre os impérios português e o espanhol. O debate entre os dois historiadores contou com réplicas e tréplicas; mas, em síntese, SBH o acusou de exaltar a atuação de mamelucos paulistas (sertanistas paulistas mestiços) para romantizar a obra do colonizador. Tal operação intelectual, permitia fundir dois nacionalismos: o lusitano e o dos modernistas brasileiros.
Contudo, convém destacar que SBH se insurge não só contra as teses de Jaime Cortesão, mas também contra a ideologia geográfica da escola historiográfica paulista – promovida aliás pelo seu grande mestre Affonso Taunay e por outros historiadores do Instituto Histórico Geográfico de São Paulo – que naquele momento organizavam as comemorações do IV Centenário da Fundação da Cidade de São Paulo com toda a pompa e circunstância. Criticava repetidamente as correntes aferradas ao culto dos bandeirantes e à visão de uma São Paulo isolada e periférica ao sistema de trocas atlânticas. Munido da melhor teoria etnográfica e antropológica do seu tempo, SBH procurou explicar os fundamentos da expansão paulista atento às evidencias materiais, às técnicas de coleta na mata, às formas de cultivo, ao preparo dos alimentos, à fabricação de vestuário e utensílios, e aos movimentos populacionais de fluxo e refluxo dos habitantes do planalto paulista.
Entre 1946 e 1967, sua carreira como historiador se internacionaliza definitivamente, por meio de uma rede de contatos com os colegas franceses, belgas, portugueses, espanhóis, mexicanos, uruguaios, peruanos, chilenos, mexicanos e norte-americanos. A partir 1949, estreita relações com as Universidades francesas, tendo sido convidado para conferenciar na École Pratique de Hautes Études (por Fernand Braudel) e na Sorbonne (por Lucien Febvre). Desde 1948, integrou diversos comitês da Unesco, colaborando com importante inquérito promovido pela instituição sobre o conceito de Democracia no Pós-Guerra, e participando em colóquios internacionais sobre originalidade das civilizações.
