Em 1950, retorna aos Estados Unidos na delegação brasileira do I Colóquio Internacional de Estudos Luso-brasileiros realizado pela Library of Congress (Washington) onde apresenta suas pesquisas sobre as técnicas rurais no Brasil do século XVIII. Nessa mesma estada, participa de seminários na Universidade de Columbia a convite do historiador do escravismo norte-americano Frank Tannenbaum (1983-1969).  Entre 1952-54, ocupa a cadeira de Estudos Brasileiros na Universidade de Roma, acompanha os encontros organizados pela Unesco, sendo eleito para integrar o Comitê Internacional de Museus (ICOM), e reunindo-se em Paris, Genebra e Roma com curadores de acervos históricos. Quando retornou a São Paulo, assumiu a direção do Museu Paulista em 1955 e a vice-direção do Museu de Arte Moderna de São Paulo no mesmo ano.  Nessa altura, seu livro Raízes do Brasil é traduzido para o italiano (Fratelli Boca Editori) e para o espanhol (Fondo de Cultura Economica), já com as revisões e ampliação de cerca de 100 parágrafos em relação à versão de 1936.

Depois de lecionar em várias instituições universitárias no mundo e no Brasil, SBH finalmente ingressou como docente titular na Faculdade de Ciências e Letras da Universidade de São Paulo após concurso público em novembro de 1958. Responsável pela cadeira de História Geral da Civilização Brasileira, envolveu-se na coordenação do projeto editorial da Coleção História Geral da Civilização Brasileira entre 1957-1972.  Foi também um dos fundadores da Associação de Professores Universitários de História (futura ANPUH). Na USP, criou em 1962 o Instituto de Estudos Brasileiros, um centro de pesquisa com vocação interdisciplinar, onde atuou como pivô na articulação de redes internacionais de estudos luso-brasileiros na Europa, nos Estados Unidos e na América Latina.  

A publicação de Visão do Paraíso: os motivos edênicos no descobrimento e colonização do Brasil em 1959, coincidiu com outras duas obras seminais de Antonio Candido de Mello e Souza e de Celso Furtado, respectivamente Formação da Literatura Brasileira e Formação Econômica do Brasil. Naquele momento, o Brasil aparecia pela primeira vez na cena mundial como uma potência cultural, nas artes embalado pelo ritmo não só da bossa nova, mas também do cinema novo, do boom literário, do concretismo e da experimentação arquitetônica, a nação parecia finalmente emancipar-se com a consolidação de uma rede de instituições científicas públicas e estatais.

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