O percurso das vicissitudes por que passou este Museu foram descritas por Irisalva Moita na entrada “Museu da Cidade”, no Dicionário da História de Lisboa (1994)do qual foi co-autora, (pp. 598-599), A aquisição do Palácio Pimenta pelo município em 1961 iria permitir que lhe coubesse, como Conservadora-chefe dos museus municipais, a sua inauguração neste novo espeço em 1979, transformando o modesto museu que existira no Palácio da Mitra no Museu de Lisboa. Para tanto, elaborou um programa entre 1973 e 1975, com um discurso cronológico e evolutivo da cidade.  Será no desempenho deste cargo, que corresponde à fase mais destacada da sua carreira, que irá centrar todo o seu interesse pela história e defesa do património da capital até 1994, ano em que se afastou por atingir o limite de idade. Para Irisalva Moita, o património a salvaguardar ia para além do valor material das peças ou de espírito coleccionista. Decorria da sua concepção de História: eram objectos de diferentes épocas, com a marca da mão humana, sendo testemunho da longa aventura dos homens que habitaram e contribuíram para a definição da área urbana. A mesma atitude mental presidira ao seu trabalho como arqueóloga.       

Esta perspectiva deixou-a bem expressa no ambicioso programa museológico que elaborou, no qual faz a distinção entre Museus Nacionais, Museus Regionais e Museu de Cidade, este específico de um aglomerado urbano, e, portanto mais rico de implicações históricas. (“Fundamentos dum Museu de Lisboa”. Revista Municipal, n.os 130 - 131, 1971, p. 19). E concretizou com uma longa exposição sobre a História da Cidade de Lisboa desde a Pré-História até ao ocaso da Idade Média, continuado numa segunda parte, que leva até finais do século XVIII (publicado na mesma revista, n.os 132-133 – 1 e 2.º trimestres de 1972). São textos fundamentais para compreender a programação museológica a que procedeu: o museu mostra representações selectivas de divulgação da memória da cidade desde as suas origens pré e proto-históricas até à implantação da República em 1910.  Foi aberto ao público por fases sucessivas, entre 1979 e 1984, mas o seu projecto sobre o Museu não teve integral concretização.

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