José da Silva Lisboa nasceu na cidade de Salvador em 16 de julho de 1756. Seu pai, o lisboeta Henrique da Silva Lisboa, era "arquiteto", e sua mãe, Helena Nunes de Jesus, natural da Bahia, supostamente parda. A profissão de arquiteto na época era de natureza mecânica, similar a outras atividades consideradas modestas, "defeito" paterno de que o filho seria diversas vezes lembrado ao longo de sua trajetória, além da mestiçagem materna (Kirschner, 2009, p. 18).

Em 1784 casou-se com Ana Francisca Benedita, filha do bacharel pernambucano Antonio Álvares de Figueiredo. Segundo a biografia publicada por um de seus filhos, Bento da Silva Lisboa, em 1839, José da Silva Lisboa teria iniciado os estudos de latim com a idade de oito anos, em seguida, no convento dos frades carmelitas, estudaria "Filosofia racional e moral", tendo ainda aprendido música e piano (Lisboa, Bento 1839, p. 186).

Em 1773 fez sua primeira viagem a Portugal para estudar retórica e se preparar para os exames de admissão em Coimbra, atividade em que foi auxiliado pelas aulas de Pedro José da Fonseca, em Lisboa. Matricula-se na Universidade de Coimbra, nos cursos jurídico e filosófico, aplicou-se ao estudo do grego e do hebraico, chegando a assumir, em 1778, a posição de professor substituto dessas matérias. Tendo sido aluno de Domingos Vandelli em Coimbra, Lisboa manteve com o famoso naturalista correspondência e colaboração em assuntos científicos (Kirschner, 2009, p. 45). Em 1779 obteve o grau de direito canônico e filosófico, pouco depois, em 1780, retornou para Salvador, onde foi nomeado ouvidor da comarca de Ilhéus, cargo que exerceu por curto e conflituoso período. Em 1782 foi nomeado professor régio de Filosofia racional e moral e professor substituto de língua grega, esta última exercida até 1787.

Em 1793 afastou-se das aulas e retornou à Lisboa com a família sob o pretexto de cuidados com a saude. Neste período trava conhecimento com Dom Rodrigo de Souza Coutinho, sendo que em 1797 obtém do Príncipe Regente seu jubilamento como docente e a nomeação de deputado secretário da Mesa de Inspeção da Agricultura e Comércio da Bahia.

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