Remontam a este período os esforços que levariam à publicação, em 1801, de sua primeira obra de fôlego, os Princípios do Direito Mercantil, cujos dois primeiros tomos vieram a luz já em 1798. Em 1804 publicou os Princípios de Economia Política, em que defendia a liberdade de comércio e apresentava as ideias de Adam Smith.

Quando da passagem da família real portuguesa pela cidade de Salvador em janeiro de 1808, Lisboa teria influenciado na decisão de abertura dos portos do Brasil às nações amigas. Nomeado ainda na Bahia lente de uma cadeira de "Economia Política", foi convidado a seguir a Corte em sua migração para a nova sede no Rio de Janeiro. Desde então sua influência nos assuntos do Estado seria permanente, desenvolvendo uma intensa atividade letrada em mais distintas frentes, em particular a já citada "Economia Política", traduzindo e vulgarizando o pensamento de Adam Smith e Edmund Burke, produzindo reflexão original em que aplicava os princípios do liberalismo econômico e do conservadorismo burkeano à realidade luso-brasileira.

Por intermédio de D. Rodrigo de Souza Coutinho, ainda em 1808, Lisboa foi nomeado deputado da Real Junta de Comércio e membro do corpo de direção e censura da Impressão Régia. Esta instituição se tornaria central na produção do que podemos chamar de estratégias de sustentação letrada da nova Corte. É neste contexto que podemos compreender as duas primeiras obras de história produzidas por Lisboa, a A Memória da Vida Pública do Lord Wellington (1815), e a Memória sobre os principais benefícios del Rei D. João XVI (1818). Durante todo o reinado de D. João no Brasil, Lisboa esteve a serviço do fortalecimento da autoridade real e do projeto reformista de fundação de um império português, ou luso-brasileiro, assentado na ideia do fim do sistema colonial e uma nova governança do território.

Em 1821, no contexto aberto pela Revolução do Porto, foi nomeado inspetor geral dos estabelecimentos literários, o que significava exercer a censura de tudo o que era publicado no Reino.

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